Lankeliškių bažnyčiai 1609 m. dovanoti 3 valakai Lankeliškių ir 3 valakai Skerpievių kaimuose. Nuo 1612 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. Apie 1763 m. supuvusiai bažnyčiai pakeisti sienojai. 1805 m. griūvančioje bažnyčioje uždraustos pamaldos, pastatyta laikina stoginė. 1817 m. pastatyta nauja mūrinė bažnyčia. Ją 1845 m. konsekravo Seinų vyskupas Povilas Strašinskis. XVIII a. pab.-XIX a. pirmojoje pusėje su pertraukomis veikė parapinė mokykla. 1907 m. įsikūręs „Žiburio“ draugijos skyrius 1908 m. įsteigė biblioteką – skaityklą. 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Klebono Vaclovo Balsio rūpesčiu 1937 m. pastatyta parapijos salė.
1941 m. birželio 22 d. traukdamiesi raudonarmiečiai V. Balsį ir su juo buvusį Marijampolės gimnazijos kapelioną vikarą Joną Petriką bei Vilkaviškio kunigų seminarijos profesorių Justiną Dabrilą suėmė ir nukankino. V. Balsys palaidotas šventoriuje. 1944 m. vokiečiai bažnyčią susprogdino. 1948 m. pastatyta laikina medinė bažnyčia.
Įdomu tai, kad 1944 metais susprogdintos mūrinės bažnyčios griuvėsiai ilgą laiką tarnavo kaip tylus priminimas apie karo negandas, tačiau tikintieji neprarado vilties. 1948 metais pastatyta laikina medinė šventovė tapo tikru stebuklu, nes tais laikais gauti leidimą statyti maldos namus buvo beveik neįmanoma. Ši kukli medinė bažnytėlė išsaugojo parapijos širdį, kai aplinkui vyravo baimė ir priespauda. Lankeliškių tikintieji pasižymėjo ypatingu atsidavimu, nes net ir neturėdami didingos architektūros, jie sugebėjo išlaikyti gyvą liturginį gyvenimą. Šiandien ši vieta yra svarbi ne dėl pastatų dydžio, o dėl dvasinės ramybės, kurią čia jaučia kiekvienas užsukęs pasimelsti už kankinius ir parapijos ateitį.