1762 m. Kyburių dvare pastatyta medinė koplyčia. Kunigą išlaikė dvaras. Po 1831 m. dvaro savininkas ištremtas į Rusiją; žemė perėjo reformatų tikybos dvarininkui, kuris koplyčią nugriovė. Katalikai pasistatė kitą koplyčią Majėnų dvaro kapinėse (3 km nuo Kyburių). Po 1863 m. Majėnų dvaras atiteko liuteronų tikybos dvarininkui. Koplyčia pervežta į Saločių kapines. Per Pirmąjį pasaulinį karą atvežta į Kyburių kapinaites (nugriauta 1928 m.). Ją retkarčiais aptarnaudavo Saločių vikaras.
1926 m. kunigui Aleksandrui Štrombergui tarpininkaujant, gautas Žemaičių vyskupo leidimas statyti bažnyčią ir 8 ha žemės sklypas bei 0,5 ha naujoms kapinėms. Statyba rūpinosi Saločių vikaras Juozapas Savukaitis. 1927 m. spalio 18 d. įsteigta parapija. Bažnyčia pastatyta pagal archit. Vytauto Landsbergio-Žemkalnio projektą, gruodžio 4 d. pašventinta.
1934–1938 m. joje klebonavo Vladislovas Kupstas. Jis įrengė bažnyčios vidų (pastatė 3 altorius, sakyklą, suolų, klausyklų), nupirko varpą, apmūrijo šventorių, įsteigė antrąsias kapines, sutvarkė parapijos sodybą. Kunigas Steponas Pelešynas parūpino daugiau liturginių rūbų, remontavo bažnyčią.