Bažnyčią 1787-1790 m. pastatė prelatas Bogužas. Ji buvo Pabaisko parapijos filija. 1814 m. kunigas Čepavičius su parapijiečiais kapinėse pastatė medinę koplyčią. Joje retkarčiais buvo laikomos pamaldos. Iki 1849 m. bažnyčia priklausė Vilniaus vyskupijai, vėliau – Žemaičių (Telšių) vyskupijai, 1926–1939 Kauno arkivyskupijai.
1888-1932 m. bažnyčia kunigo neturėjo. 1933 m. paskirtas iš Rusijos grįžęs kunigas Bronislovas Rūtenis. 1939 m. įkurta parapija.
Krikštėnų Nukryžiuotojo Jėzaus bažnyčios istorija kupina iššūkių ir tikėjimo stiprybės liudijimų. Prelato Bogužo pastatyta bažnyčia, nors ir nedidelė, tapo dvasiniu lopšiu Pabaisko parapijiečiams, net ir neturėdama nuolatinio kunigo ilgą laiką. Medinė koplyčia kapinėse liudija apie parapijiečių troškimą artumo su Dievu net ir sunkiausiomis aplinkybėmis – "Kur du ar trys susirinkę mano vardu, ten aš esu tarp jų" (Mt 18, 20). Kunigo Bronislovo Rūtenio sugrįžimas iš Rusijos 1933 metais įnešė naują dvasinį postūmį bendruomenei, atgaivinant tikybos ugnį po ilgos dvasinės sausros. Bažnyčios priklausomybė skirtingoms vyskupijoms atspindi sudėtingą Lietuvos istoriją ir jos įtaką Bažnyčios struktūrai. Mintis apie tai, kad net ir be pastovaus kunigo, tikėjimas išliko gyvas, primena Šv. Pauliaus žodžius: "Nes aš įsitikinęs, kad nei mirtis, nei gyvenimas, nei angelai, nei valdžios, nei dabartis, nei ateitis, nei galybės, nei aukštis, nei giluma, nei jokia kita būtybė negali mūsų atskirti nuo Dievo meilės Kristuje Jėzuje, mūsų Viešpatyje" (Rom 8, 38-39). Kiekvienas akmuo šioje bažnyčioje – liudijimas apie ištikimybę tikėjimui, išbandymus ir atgimimą. Bažnyčios istorija primena, kad tikėjimas yra gyvas ryšys su Dievu, neapsiribojantis vien pastato sienomis. Ši istorija yra ne tik architektūros paminklas, bet ir gyvas tikėjimo liudijimas, įkvepiantis ir šiandien.