Varlaukyje 1764 m. pastatyta medinė koplyčia. Ji 1830 m. perstatyta. 1860 m. pastatyta bažnyčia. 1862 m. paskirtas kunigas. 1879 m. bažnyčia sudegė.
1881 m. leista statyti naują medinę bažnyčią (pastatyta 1883 m.). 1921 m. įkurta parapija. 1923 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa.
Varlaukio Švč. Trejybės bažnyčios istorija – tai liudijimas tikėjimo tvirtumui ir atkaklumui netgi susidūrus su sunkumais. Degimo tragedija 1879 metais, sunaikinusi ankstesnę šventovę, galėjo tapti tikėjimo išbandymu, tačiau bendruomenės ryžtas atstatyti bažnyčią per vos dvejus metus byloja apie stiprų dvasinį ryšį su Dievu. Naujos bažnyčios statyba – tai ne tik mūro ir medienos darbas, bet ir gyvas tikėjimo išpažinimas, atspindintis bendruomenės troškimą turėti vietą maldai ir bendrystei. Įkūrus parapiją 1921 metais, Varlaukio bendruomenė įgijo savarankišką dvasinį gyvenimą, o pavasarininkų atėjimas 1923 metais galėjo praturtinti parapijos dvasinį kraštovaizdį, įnešdamas naujų idėjų ir energijos. Mintis apie Dievo Trejybę – Tėvo, Sūnaus ir Šventosios Dvasios – išlieka centrine Varlaukio bažnyčios esme, primindama apie amžinąją meilę ir vienybę, kurią šventovė simbolizuoja. Kaip rašė Augustinas: "Mylėk ir daryk, ką nori." Tikėjimas ir meilė Dievui buvo ir išlieka šios bažnyčios pamatu, įkvepiančiu bendruomenę gyventi pagal Dievo valią. Bažnyčios istorija byloja apie žmonių atkaklumą ir tikėjimo neblėstantį švytėjimą netgi po sunkių išbandymų. Varlaukio Švč. Trejybės bažnyčia – tai ne tik architektūros paminklas, bet ir gyva tikėjimo liudytoja, kurioje kartų kaita tęsia maldos ir bendrystės tradiciją.