Trakų pilininkas Jurgis Radvila 1598 m. pastatė evangelikų reformatų bažnyčią. Ją 1654 m. užėmė katalikai, kuriems 1663 m. bažnyčia atiduota. Kitą katalikų bažnyčią Šventežerio dvaro valdytojas pastatė iki 1783 m. Suirusioje bažnyčioje 1823 m. uždrausta laikyti pamaldas. 1831 m. remontuota. 1863 m. patvirtintas mūrinės bažnyčios projektas. 1866 m. suvežta akmenų, bet statyti nepradėta. 1871 m. senoji bažnyčia sudegė. Įrengta klebonijos kluone. Jis 1871 m. rugsėjo 8 d. taip pat sudegė. Pastatyta laikina.
1880 m. pervežta Šlavantų koplyčia. Ji 1882 m. perstatyta į bažnyčią (rūpinosi kunigas Motiejus Bujauskas). Vikaro St. Čėsnos rūpesčiu Šventežeryje pradėta giedoti lietuviškai. Prieškariu įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas K. Sakalauskas), įsteigta biblioteka – skaitykla. 1911–1915 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Iki 1925 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa.
Ypatingas džiaugsmas kilo kunigui Motiejui Bujauskui, kuris rūpinosi Šlavantų koplyčios pervežimu ir pavertimu bažnyčia. Tai buvo tarsi gyvojo tikėjimo perkėlimas, rodantis, kad šventoji erdvė gali atgimti net ir išardžius senąją. Be to, vikaro Stasio Čėsnos pastangos įvesti lietuviškas giesmes buvo didelis žingsnis į priekį. Tai nebuvo tik kalbos pakeitimas, bet ir gilesnis ryšys su Dievu per gimtąją kalbą, leidžiant tikintiesiems jausti asmeniškesnį ryšį su pamaldomis. Šis lietuviškas giedojimas tapo tikėjimo išsaugojimo ir tautinės tapatybės stiprinimo dalimi. Bažnyčia ilgą laiką buvo ne tik maldos namai, bet ir bendruomenės širdis, kurioje skleidėsi ir švietimo bei blaivybės idėjos.