Stirniuose jau 1726 m. buvo dvi koplyčios: viena jėzuitų Šv. Jono, kurią Molėtų klebonas aplankydavo dukart per metus: per šv. Kazimierą ir per šv. Baltramiejų apaštalą. Matyt, panaikinus jėzuitų ordiną joje pamaldų nelaikydavo 1795 m. Kita Stirnių koplyčia priklausė Žarnovskiams. Ją Molėtų klebonas aplankydavo per šv. Mariją Magdalietę ir šv. Kotryną. Stirnių jėzuitai veikė plačioje apylinkėje nuo XVII a. pabaigos. Jie turėjo valdų (Mockėnų ir Vikėnų kaimus – abu dab. Suginčių seniūnijoje), ežerų, daugiausiai užrašytų Žarnovskių. Suginčių koplyčioje Stirnių jėzuitai krikštydavo ir tuokdavo. Perstatoma koplyčia (atrodo, buvusi jėzuitų) išliko iki XX a. 1922 m. įkūrus parapiją, pamaldos laikytos koplyčioje. 1931 m. kitoje vietoje pastatyta laikina medinė bažnyčia.
1937–1940 m. kunigai Jonas Kazlauskas, Jonas Daugėla (g. 1909 m.) su parapijiečiais pastatė dabartinę akmenų mūro bažnyčią. Klebonas J. Daugėla 1941 m. birželio 29 d. besitraukiančių raudonarmiečių nušautas.
Verta prisiminti ir tragišką kunigo Jono Daugėlos lemtį. Jo mirtis devyniolika keturiasdešimt pirmųjų metų birželio pabaigoje, būtent per patį Šv. Petro ir Povilo atlaidų metą, bažnyčios istorijoje įrašyta kaip auka už savo kaimenę. Dvasine prasme ganytojas, atiduodantis gyvybę už žmones, kartoja paties Kristaus meilės gestą. Senieji parapijiečiai iki šiol pasakoja, kad šventovės akmenys mena ne vien maldas, bet ir didžiulį vietinių žmonių vieningumą. Kai sovietinė valdžia draudė tikėjimą, Stirnių bendruomenė slapta saugojo bažnyčios vertybes, o tai rodo gyvą bažnyčios dvasią, kurios negali sugriauti jokie ginklai ar ideologijos.