Šalčininkuose 1410 m. pastatyta pirmoji bažnyčia ir įsteigta parapija. Jonas Hlebavičius su žmona Ona 1523 m. paskyrė parapijai žemės, kito turto. Bažnyčią 1568 m. pasisavino evangelikai reformatai. Vilniaus pakamaris Jonas Alfonsas Lackis 1622 m. bažnyčią atstatė, padidino fundaciją, 1655 m. Maskvos kariuomenė ją sudegino. Po 1674 m. pastatyta nauja, medinė bažnyčia. XVIII a. veikė parapinė mokykla. Joje 1795–1796 m. vaikus mokė vargonininkas.
1812 m. bažnyčia su archyvu sudegė, atstatyta nauja. 1832 m. klebonijai priklausė Tarakonių kaimas. 1827 m. visi parapijos valstiečiai kalbėjo lietuviškai, bet meldėsi lenkiškai. XIX a. ir vėliau lietuviškų pamaldų nebuvo. XX a. pradžioje apie pusę parapijos gyventojų kalbėjo lietuviškai. Nuo 1904 m. Šalčininkuose klebonavęs Kazimieras Burokas (1875–1943) ir vėliau klebonavęs Antanas Udalskis (1889–1943) hitlerininkų nužudyti.
1944 m. bažnyčia sudegė, pamaldos laikytos kapinių koplyčioje. 1949 ir 1986 m. padidinta. 1992 m. pradėtos rinkti aukos naujos bažnyčios statybai.