Pirmoji medinė bažnyčia pastatyta 1604 m. Ji buvo Birštono parapijos filija. Vyskupas Benediktas Vaina Birštono bažnyčią 1609 m. pavertė Prienų parapijos filija. Prienų bažnyčiai 1609 m. dovanotas Bagrėno palivarkas su trobesiais ir Bagrėno kaimas su 33 valakais žemės. Klebonas įpareigotas išlaikyti vikarą. Klebonas turėjo būti lietuvis arba gerai mokėti lietuviškai. XVII a. pradžioje veikė parapinė mokykla. Nuo 1644 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. Klebono Vaitiekaus Izdebskio rūpesčiu 1674 m. pastatyta nauja bažnyčia.
1750 m. pastatyta dabartinė medinė. Ji 1875 m. remontuota, paplatinta. Tuo metu šventoriuje pastatyta mūrinė koplyčia. Naują bažnyčią 1885 m. konsekravo Seinų pavyskupis Juozapas Olekas. 1906 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas Juozapas Rudaitis). 1907 m. įkurta biblioteka – skaitykla. Bažnyčioje sumontuoti garsaus lietuvių meistro Jono Garalevičiaus pagaminti vargonai. 1918 m. įsteigta „Žiburio" gimnazija, kurios ilgametis direktorius buvo kunigas Feliksas Martišius (1879–1955).
Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia suremontuota. Prienų klebonas Juozas Zdebskis (1929–1986) 1971 m. rugpjūčio 26 d. areštuotas, už vaikų katekizacįją nuteistas 1 m. kalėti Pravieniškėse.
Ypatingą dėmesį verta skirti 1750 metais statytos dabartinės medinės bažnyčios architektūrinei simbolikai. Nors ji iš esmės yra medinė, jos planas ir aukštis, tikėtina, buvo pritaikyti baroko epochos sakralinės architektūros kanonams, siekiant sukurti didingumo įspūdį, būdingą to meto sakraliniams pastatams, net ir naudojant kuklesnes medžiagas. Tai buvo būdas perteikti Dievo šlovę per menką, bet išpuoselėtą formą. Be to, minėta, kad klebonas turėjo išlaikyti vikarą, kas rodo ankstyvą bendruomenės finansinio solidarumo ir dvasinio aptarnavimo struktūros įtvirtinimą, užtikrinant, kad pastoracinė globa būtų nuolatinė ir visapusiška. Šie faktai atskleidžia parapijos gyvenimo gilumą už oficialių statybų datų ribų.