Liudvikas Pilsudskis Pajūralyje 1750 m. pastatė bažnyčią (XIX a. pabaigos bažnytiniuose kalendoriuose, supainiojus su Tauragės Pajūriu, neteisingai nurodyta 1569 m., vėliau, dėl korektūros klaidos – 1509 m.). Iš pradžių nuolatinio kunigo neturėjo. Po 1834 m. bažnyčia gerokai remontuota, pastatyta klebonija, įsigyti vargonai. Už 1863 m. sukilimo rėmimą filialistas Petras Mačinskas ištremtas į Sibirą (mirė 1893 m.). 1889, 1890 m. valdžia neleido remontuoti bažnyčios.
1893 m. ji sudegė. Valdžia neleido statyti laikinos. Kunigas Kazimieras Žagrakalys laikiną bažnyčią įrengė klebonijoje. Už altoriaus (be leidimo) įrengimą K. Žagrakalys nubaustas 250 rb (caro manifestu bausmė dovanota). Prašyta leidimo statyti naują medinę bažnyčią (archit. Piotro Serbinovičiaus projektas). Kauno gubernatorius nusprendė, kad Pajūralyje bažnyčia nereikalinga.
1903 m. suprojektuota mūrinė. Pajūralio savininkui Vladislovui Pliateriui 1905 m. pavyko gauti leidimą statyti bažnyčią savo lėšomis. Pastatyta 1906–1908 m. 1928 m. įkurta parapija. 1942 m. gelžbetonio tvora apjuostas šventorius.
Bažnyčios architektūroje svarbus ne tik mūras, bet ir jos globėjo pasirinkimas. Šv. Joakimas krikščioniškoje tradicijoje laikomas senelių ir tėvų globėju, todėl Pajūralio parapija per amžius buvo tarsi didelė šeima, kurioje tikėjimas perduodamas iš rankų į rankas. Vladislovo Pliaterio indėlis statant mūrinę bažnyčią rodo, kaip bajorija ir paprasti žmonės susivienijo vardan bendro tikslo. Šiandienos lankytojai gali pajusti ramybę, kurią saugojo ne viena karta, nepaisydama tremčių ar draudimų. Tai vieta, kurioje kiekviena plyta mena ne tik architektūrinį sprendimą, bet ir gilią meilę Dievui bei savo kraštui. Pajūralio bažnyčia išlieka gyvu liudijimu, kad tikėjimas nugali bet kokius biurokratinius trukdžius.