1933 m. Žaliakalnyje įkurta Šv. Antano Paduviečio parapija, paskirtas klebonas Juozapas Želvys (1899–1985). Senelių prieglaudoje įrengta laikina bažnyčia. Pagal inžinieriaus Antano Bistricko projektą 1936 m. netoli Zoologijos sodo pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia.
Bažnyčios interjere verta atkreipti dėmesį į detales, susijusias su šventojo gyvenimu. Pavyzdžiui, kai kuriuose altoriuose vaizduojamas Antanas, nešantis Kūdikėlį Jėzų. Šis vaizdas simbolizuoja jo gilią meilę Eucharistijai ir Jėzaus slėpiniui, o ne vien tik jo, kaip pamokslininko, veiklą. Be to, bažnyčios statybos metu, tikintieji aukojo ne tik pinigus, bet ir savo rankomis nešė statybines medžiagas, parodydami didelį tikėjimo užsidegimą. Tai buvo tikra bendruomenės auka Dievui. Ši bažnyčia yra gyvas liudijimas apie Kauno tikinčiųjų stiprybę.