Estijos religijos istorija yra unikali, nes šalis per amžius patyrė daugybę kultūrinių ir dvasinių įtakų. Seniausiais laikais vietiniai gyventojai praktikavo pagoniškas apeigas, kuriose buvo garbinami gamtos reiškiniai, dvasios ir protėviai. Tikėjimas buvo glaudžiai susijęs su gyvenimo ritmu, žemdirbyste ir bendruomenės papročiais.
Krikščionybė Estijoje pradėjo plisti XII–XIII amžiuje, kai į regioną atvyko Livonijos ordinas ir danų kryžiuočiai. Tikėjimo įvedimas nebuvo taikus procesas – vietiniai gyventojai ilgai priešinosi naujai religijai. Galiausiai krikščionybė tapo dominuojanti, o katalikybė ilgą laiką buvo pagrindinė tikėjimo forma.
Reformacija XVI amžiuje turėjo didelę įtaką religinei aplinkai. Protestantizmas tapo pagrindine Estijos religija, dauguma bažnyčių perėjo į liuteronybės įtaką. Šis laikotarpis paskatino religinės literatūros vertimą į vietinę kalbą, kas prisidėjo prie estų tautinės savimonės formavimosi.
XVIII–XIX amžiuje Estija buvo Rusijos imperijos dalis, todėl stačiatikybė taip pat pradėjo plisti. Kai kurie gyventojai perėjo į ortodoksų tikėjimą, tačiau liuteronybė išliko pagrindinė religija. Švietimo plėtra ir industrializacija skatino sekuliarizacijos procesus, o dalis visuomenės pradėjo tolti nuo organizuotų religinių praktikų.
XX amžiaus įvykiai dar labiau paveikė religinį gyvenimą. Sovietų Sąjungos okupacijos metu buvo vykdoma aktyvi ateistinė politika – bažnyčios buvo uždaromos, dvasininkai persekiojami, o tikėjimas tapo privačiu reikalu. Religija buvo smarkiai susilpninta, tačiau neišnyko. Po nepriklausomybės atkūrimo 1991 metais tikėjimo laisvė vėl tapo realybe, tačiau didelė dalis gyventojų išliko sekuliarūs.
Estija yra viena iš mažiausiai religingų Europos šalių. Remiantis statistikos duomenimis, apie 30% gyventojų save priskiria prie kokios nors religijos, o didžiausia tikinčiųjų dalis priklauso liuteronų ir stačiatikių bendruomenėms. Apie 14% išpažįsta stačiatikybę, 8% save laiko liuteronais, o likusi dalis priklauso kitoms krikščioniškoms ar naujoms religinėms kryptims. Netikintys arba tie, kurie nepriklauso jokiai organizuotai religijai, sudaro apie 60% šalies gyventojų.
Nepaisant mažo organizuotos religijos vaidmens, dvasinės paieškos ir įvairūs filosofiniai tikėjimai išlieka svarbia gyvenimo dalimi. Estijoje gausu modernių dvasinių praktikų, susijusių su gamta, senovės tikėjimais ar Rytų filosofijomis. Religinė įvairovė egzistuoja, tačiau kasdienybėje dominuoja sekuliarūs požiūriai.
Religija Estijoje yra labiau kultūrinis ir istorinės tapatybės elementas nei visuomenės gyvenimo pagrindas. Nors bažnyčios išlieka architektūriniais paminklais, o krikščioniškos šventės tebėra švenčiamos, dauguma žmonių tikėjimą suvokia labiau asmeniškai ir filosofiškai, nei per institucines struktūras.
Vėliau, sovietmečiu, ateizmas tapo valstybine politika, o religinė gyvensena buvo giliai paslėpta. Bažnyčios uždarytos, kunigai persekiojami, tačiau tikėjimas nesunyko, o persikėlė į slapta rengiamus susibūrimus privačiuose namuose.
Įdomus teologinis faktas yra tas, kad šiandien Estija laikoma viena mažiausiai religingų šalių pasaulyje pagal tradicinį bažnyčios lankomumą. Visgi estai išlaiko ypatingą dvasinį ryšį su gamta. Senosios pagoniškos tradicijos dabar atgimsta per naujus judėjimus, tokius kaip Maausk, kur žmonės garbina šventuosius medžius, akmenis ir šaltinius, tęsdami tūkstantmečio senumo protėvių tradicijas moderniame pasaulyje.