Žvingių bažnyčia minima 1588 m. Ji XVI a. pabaigoje kunigo neturėjo. 1606 m. bažnyčiai paskirtas Bikavėnų kaimas, įsteigta parapinė mokykla (atkurta 1802 m.). Per miestelio gaisrą 1775 m. bažnyčia sudegė. 1778 m. atstatyta. Žvingių klebonas Pranas Butkevičius už draudžiamos lietuvių spaudos platinimą 1871 m. ištremtas į Tobolsko guberniją (į Lietuvą grįžo 1881 m.). 1880 m. kapinėse pastatyta koplyčia. Joje nuo 1915 m. laikytos pamaldos. 1885 m. perstatyta bažnyčia buvo viena gražiausių Lietuvos medinių bažnyčių. Prieš Pirmąjį pasaulinį karą Žvingiuose klebonavo rašytojas, draudžiamos lietuviškos spaudos bendradarbis Kazimieras Pakalniškis (1866–1933). Per karą bažnyčia sudegė. Pamaldos laikytos Bikavėnų kaimo koplyčioje.
Naujos bažnyčios statybai vyriausybė 1935 m. skyrė medienos už 10 000 litų. Klebono A. Braknio rūpesčiu po 1935 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Jos įrengimas užtruko iki 1939 m. Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia apgriauta.
Be to, klebono Prano Butkevičiaus tremtis už lietuviškos spaudos platinimą rodo, kad Žvingių parapija buvo svarbus lietuvybės ir katalikiškos dvasios saugojimo centras. Jis ne tik tarnavo Dievui, bet ir rūpinosi tautos švietimu, kas tais laikais buvo tiesiogiai susiję su tikėjimo gynimu. Naujoji, po 1935 metų pastatyta bažnyčia, nors ir medinė, buvo statoma su dideliu bendruomenės entuziazmu, kiekvienas prisidėjo savo jėgomis ir lėšomis, parodydamas, kad tikėjimas yra tvirtas pamatas net ir sunkiausiais laikais. Ši bažnyčia ilgai išlaikė senąsias giesmes ir pamaldų tvarką, artimą seniesiems papročiams.