Dvarininkas Orvydas (Orvydavičius) 1533 m. pastatė Šilalėje bažnyčią ir ją išlaikė. Įkurta parapija. Šilalės klebonas Jonas Tartila vienas pirmųjų Lietuvoje pradėjo propaguoti reformacines evangelikų liuteronų idėjas, todėl 1536 m. turėjo pasitraukti į Mažąją Lietuvą. Šilalės bažnyčia XVI a. pabaigoje priklausė protestantams. XVII a. pradžioje grąžinta katalikams. Pranas Pilsudskis 1769 m. pastatė naują mūrinę bažnyčią. 1792 m. Jonas Pilsudskis įsteigė altariją. 1829 m. bažnyčia gerokai apdegė. 1830 m. suremontuota. XIX a. veikė parapinė mokykla.
1850 m. parengtas bažnyčios padidinimo projektas neįgyvendintas. Architektas J. Dzekonskis 1897 m. suprojektavo mūrinę bažnyčią. 1900 m. projektas patvirtintas. 1903 m. nugriauta senoji bažnyčia. Klebono prelato B. Pacevičiaus ir kanauninko Pr. Kuodžio rūpesčiu bei parapijiečių lėšomis 1905–1909 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia.
Nuo 2007 m. bažnyčioje tarnauja trys kunigai – kun. Kęstutis Motiejaitis, kun. Mindaugas Alekna ir Šilalės Šv. Pranciškaus Asyžiečio bažnyčios klebonas, bei Telšių vyskupijos jauniausias dekanas Stasys Toleikis.
Mažai kas žino, jog bažnyčios viduje saugomi meno kūriniai atlieka ne tik estetinę funkciją, bet ir tarnauja kaip vizualinė Biblija tiems, kurie anksčiau negalėjo skaityti. Šventųjų skulptūros ir paveikslai čia veikia kaip tylūs mokytojai, pasakojantys apie krikščioniškąsias vertybes. Be to, parapijos bendruomenė puoselėja gilias tradicijas, kurios padeda išlaikyti gyvą tikėjimą net ir permainingais laikais. Ši šventovė yra tarsi dvasinis inkaras, jungiantis praeities kartų maldas su dabarties žmonių lūkesčiais. Kiekvienas akmuo šiame pastate mena parapijiečių aukas ir jų norą turėti vietą, kurioje galima patirti Dievo artumą. Tai vieta, kurioje susitinka istorija ir amžinybė, kviečianti kiekvieną lankytoją trumpam stabtelėti ir susimąstyti apie gyvenimo prasmę.