Bažnyčia Vepriuose minima 1553 m. Šemetos 1616 m. kapinėse pastatė mūrinę koplyčią. Apie 1683 m. Milašiūnų palivarkas dovanotas Vilniaus dominikonams (panaikinti 1844 m.), administravusiems Veprių bažnyčią. Jie vienuolyno Vepriuose nepastatė ir bažnyčia mažai rūpinosi. 1810 m. prie mūrinės koplyčios pristatyta medinė dalis (1895 m. buvo du mediniai priestatai). 1845 m. į Veprius perkeltas Upninkų parapijos centras. 1892 m. akmenų mūro tvora aptvertas šventorius.
1882–1900 m. prie Šventosios ir Veprių ežero pastatytos mūrinės Kryžiaus kelio stočių koplyčios (sunaikintos 1963 m., išskyrus esančias šventoriuje).
1909–1910 m. Klebono T. Vasiliausko rūpesčiu, remiant Veprių dvaro valdytojui Marijonui Vandalinui Pliateriui ir apylinkių ūkininkams, pastatyta dabartinė bažnyčia (archit. Vladislovo Stipulkovskio projektas). Ją 1936 m. konsekravo vyskupas Teofilius Matulionis. 1919 m. rugpjūčio 24 d. lenkų kariai sunaikino bažnyčios archyvą, išsivežė kleboną. 1941 m. birželio 22 d. raudonarmiečiai Skaruliuose sušaudė ilgametį Veprių kleboną Boleslovą Vėgėlę.
1944 m. liepos 24 d. besitraukdama vokiečių kariuomenė susprogdino bažnyčios varpinės bokštą. Buvo apgadinta bažnyčia, dužo dauguma vitražų. Po Antrojo pasaulinio karo, daugiausia vietos gyventojų pastangomis ir lėšomis, bokštas atstatytas žemesnis ir toks stovi iki šiandien. Planuojama jo rekonstrukcija, siekiant sugrąžinti pirmykštę bažnyčios išvaizdą.
Veprių Švč. Mergelės Marijos Rožančiaus Karalienės bažnyčios istorija – tai ilga ir vingiuota kelionė per šimtmečius, atspindinti tikėjimo stiprybę ir išbandymus. Dominikonų rūpestis, nors ir ne visada intensyvus, liudija apie jų siekį skleisti krikščionišką žinią šioje vietovėje. Bažnyčios statyba ir pertvarkymai – tai tarsi alegorija apie nuolatinį tikėjimo atnaujinimą ir pritaikymą prie besikeičiančių laikų. Medinės ir mūrinės dalys, pristatytos prie senosios koplyčios, simbolizuoja senųjų tradicijų ir naujų idėjų jungtį, o Kryžiaus kelio stotys, nors ir sunaikintos, byloja apie gilią tikinčiųjų meditaciją ir Jėzaus Kristaus kančios suvokimą. Šventorius, aptvertas akmenų mūro tvora, primena apie Bažnyčios kaip saugios prieglobsčio vietos svarbą. "Nes ten, kur yra du ar trys susirinkę mano vardu, ten esu ir aš tarp jų" (Mato 18, 20) – šie Jėzaus žodžiai atspindi bendruomenės svarbą ir jos ryšį su Dievu. Veprių bažnyčios istorija – tai liudijimas apie nepalaužiamą tikėjimą ir pastangas išlaikyti ryšį su dvasine tiesa net ir sudėtingiausiomis aplinkybėmis. Bažnyčia, kaip gyva bendruomenės širdis, per visus šiuos metus išliko svarbiu dvasingumo centru, primindama apie amžinąsias tiesas ir žmogaus santykį su Dievu. Tokios vietos kaip Veprių bažnyčia yra ne tik architektūros paminklai, bet ir gyvos tikėjimo istorijos liudytojos.