Rokiškio grafas Jonas Pšezdeckis 1908 m. prašė leidimo mūriniame Lukštų palivarko spirito varyklos pastate įrengti koplyčią ir skirti kunigą. Rengiant projektą paaiškėjo, kad sienos per silpnos ir netinkamos koplyčiai. Parengtas naujas koplyčios projektas, 1911 m. ji pradėta statyti. J. Pšezdeckis 1910 m. bažnyčiai skyrė 15 ha žemės, gyvenamąjį namą (klebonijai), klojimą (jame įrengta laikina bažnyčia). 1911 m. į Lukštus atvyko Rokiškio vikaras Pranas Vainauskas.
1912 m. valdžia bažnyčios statybą sustabdė, nes statyta nevisai pagal projektą. Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai išvogė statybines medžiagas. Akmenų mūro bažnyčia baigta statyti tik 1925 m. Jai 1927 m. birželio 13 d. suteiktos parapijos teises, paskirtas klebonas (iki tol kuratas) Bronius Strumyla.
Įdomu tai, kad nors bažnyčia statyta ilgai, jos pašventinimas įvyko tik 1927 metais. Iki tol ji buvo tik koplyčia ar kuratas. Tai rodo stiprų vietos bendruomenės tikėjimą ir atkaklumą, nepaisant statybų vėlavimų ir vokiečių išvogtų medžiagų. Prieš tapdama parapija, Lukštai buvo priklausomos nuo Rokiškio, o tai reiškė, kad kunigas čia lankėsi ne nuolat.
Bažnyčios atsiradimas spirito varyklos vietoje taip pat turi simbolinę prasmę. Iš pasaulietiško, galbūt net nuodėmingo, objekto išaugo šventa vieta. Tai primena krikščionišką idėją apie atgimimą ir naują pradžią, kai senas gyvenimas pakeičiamas nauju, Dievo apšviestu keliu. Lukštų bažnyčia yra liudijimas apie tikėjimo pergalę prieš sunkumus.