Spirakių dvaro savininkas Antanas Liutikas 1790 m. pastatė koplyčią. Kitas savininkas Antanas Rimkevičius 1840 m. pastatė dabartinę akmenų mūro bažnyčią. Ją 1860 m. konsekravo vyskupas Motiejus Valančius.
1880 m. pastatyta nauja klebonija. 1926 m. bažnyčia gavo 8 ha žemės. Kunigo Petro Ulecko rūpesčiu 1936 m. išdažytas bažnyčios vidus.
Vyskupo Motiejaus Valančiaus apsilankymas 1860 metais buvo didelis įvykis, nes jis garsėjo kaip blaivybės sąjūdžio pradininkas. Tikėtina, kad po šventinimo apeigų parapijiečiai gavo griežtą, bet tėvišką priesaką puoselėti ne tik bažnyčios sienas, bet ir savo sielų švarą. 1936 metais atliktas vidaus dažymas nebuvo vien estetinis sprendimas. Tai buvo bendruomenės susitelkimo ženklas, kai žmonės, nepaisydami sunkių laikų, aukojo savo lėšas, kad Dievo namai taptų šviesesni. Ši bažnyčia išsiskiria savo kuklumu, kuris primena, jog tikroji šventybė slypi ne prabangoje, o paprastume. Spirakiai išliko kaip ramybės oazė, kurioje kiekvienas užėjęs gali pajusti tylų ryšį su praeitimi ir pajusti, kaip per šimtmečius čia skambėjusios maldos suformavo ypatingą šios vietos aurą.