Klovainių (Krivaičių) dvaro savininkas Jeronimas Valavičius 1621 m. pastatė medinę bažnyčią. Jai 1624 m. dovanotas Beržinių kaimas, vėliau pakeistas į Laipuškių kaimą, turėjo jurisdiką miestelyje. 1625 m. įsteigta parapija, 1627 m. – parapinė mokykla. 1635 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Jurgis Tiškevičius. Klovainiuose nuolat gyveno 3 kunigai. 1690 m. įsteigta altarija. Nuo 1768 m. veikė Šv. Onos draugija, 1792 m. įsteigta Švč. Mergelės Marijos Paguodos draugija, 1908 m. – „Saulės“ draugijos mokykla. Kanauninko Domininko Staševskio rūpesčiu 1825 m. pastatyta parapinė mokykla.
1853–1854 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Ją klebonas Pranas Urbanavičius XX a. pradžioje išdažė, paauksavo altorius. 1916 m. vokiečiai išsivežė 2 varpus, 1925 m. įsigyti nauji. Klebonas Zenonas Karečka (1890–1952) per 10 m. bažnyčią perdengė, išdažė, įdėjo naujas grindis, suremontavo altorius, vargonus. Jis 1945 m. gruodžio 18 d. suimtas ir 1,5 m. kalintas Komijoje.
Ypatingą dėmesį verta skirti altarijos įsteigimui 1690 metais. Altarija buvo skirta tam tikros aukos ar pamaldos už konkrečius asmenis ar intencijas laikymui, kas rodo, jog jau tuo metu parapija turėjo pakankamai lėšų ir organizuotumo palaikyti nuolatines specialias pamaldas. Tai liudija apie stiprią vietos kilmingųjų ir turtingesnių ūkininkų paramą.
Be to, nors minima Šv. Onos draugija, mažiau žinoma, kad ji buvo viena pirmųjų tokių susivienijimų Žemaitijoje, kurios nariai aktyviai rūpinosi ne tik dvasiniu gyvenimu, bet ir vargšų rėmimu. Ši draugija veikė kaip savotiška socialinės pagalbos tarnyba, įkvėpta krikščioniškos meilės artimui. Ši bažnyčia ilgą laiką išlaikė stiprią katalikišką dvasią, net ir per sunkiausius laikus.