Paberžės dvaro dvaro savininkas Šilingas 1787 m. pastatė medinę aštuoniakampę koplyčią. Ji iki 1853 m. tapo Surviliškio filija. Iš Ugionių 1858 m. atvežta senoji bažnyčia. Vėliau ją remontavo kunigas Ipolitas Baronas. Paberžės kuratas kunigas Antanas Kasperavičius lietuviškos spaudos draudimo laikais platino draudžiamą literatūrą.
Kunigas Antanas Mackevičius (1828–1863) 1856–1862 m. buvo Paberžės filialistas, vienas iš 1863 m. sukilimo vadų. Jis suorganizavo apie 250 sukilėlių būrį, 1863 m. kovo 20 d. bažnyčioje perskaitė sukilėlių manifestą ir išėjo vadovauti būriui (Kaune pakartas).
Iki 1970 m. į Paberžę paskirtas kunigas Stanislovas Dobrovolskis, buvęs politinis kalinys, suremontavo ir išpuošė bažnyčią, sutvarkė parapijos kapines. Jis šventoriuje ir kapinėse pastatė originalių paminklų, propagavo metalinių saulučių meną, įkūrė bažnytinių rūbų muziejų. Mirė 2005 m., palaidotas bažnyčios šventoriuje.
Įdomu tai, kad bažnyčios šventoriuje esančios metalinės saulutės nėra tik puošmena. Tai senoji lietuviška tradicija, kurioje saulė simbolizuoja Kristų, nugalintį tamsą. Tėvas Stanislovas šią simboliką prikėlė naujam gyvenimui, paversdamas kapines vieta, kurioje mirtis atrodo ne kaip pabaiga, o kaip šviesus perėjimas. Ši vieta spinduliuoja ypatingą ramybę, kurią pajunta kiekvienas užsukęs. Tai tarsi dvasinis prieglobstis, kuriame net akmenys pasakoja apie pasiaukojimą, tikėjimą ir žmogaus dvasios stiprybę, nepalūžusią net sunkiausiais istoriniais išbandymų metais. Paberžė išlieka gyvu liudijimu, kad tikėjimas yra neatsiejamas nuo meilės savo kraštui.