Mykolas Sapiega 1634 m. bažnyčiai dovanojo jurisdiką miestelyje ir Gudeliškės palivarką su Abakų, Budrių ir Šmilkščių kaimais (70 valakų), 1639 m. fundavo parapinę mokyklą. 1764 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. Ji 1873 m. gegužės 23 d. sudegė. Prašyta leisti statyti mūrinę bažnyčią, tačiau 1874 m. leista statyti tik medinę.
1881 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Aleksandras Beresnevičius. 1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
Mažai kas žino, jog Kartenos parapija garsėjo ypatingu pamaldumu į Švč. Sakramentą. XIX amžiaus pabaigoje, kai buvo draudžiama statyti mūrinius pastatus, tikintieji savo rankomis ir maldomis kūrė medinį stebuklą, kuris tapo dvasinės stiprybės simboliu. Bažnyčios viduje saugomi liturginiai indai ir paveikslai liudija apie vietos žmonių aukojimąsi. Blaivybės draugijos veikla čia nebuvo vien formalumas, tai buvo gilus dvasinis apsivalymas, siekiant išsaugoti šeimų šventumą. Kartenos šventovė išliko gyva net sunkiausiais laikais, nes ji buvo pastatyta ant tvirto tikėjimo pamato, kurį kūrė ne vien fundatoriai, bet ir paprasti kaimo žmonės. Kiekvienas čia žengtas žingsnis per šimtmečius tapo malda, o pati bažnyčia iki šiol išlieka ramybės uostu, kviečiančiu stabtelėti ir pamąstyti apie tai, kas svarbiausia žmogaus sielai.