1631 m. karališkasis sekretorius Dominykas Norkevičius į Kauną pasikvietė dominikonų ordiną, kuriems užrašė savo namus Didžiojoje (dab. Vilniaus) gatvėje. 1641 m. dominikonai formaliai įsikūrė Kaune.
Bažnyčios ir vienuolyno ansamblis pradėtas statyti apie 1678 m., tada dar miesto pakraštyje, erdviame 5,5 ha sklype. Statyba truko keliolika metų. 1682 m. uždengtas čerpių stogas. 1682–1690 m. vyko užbaigimo ir interjero įrengimo darbai, vadovaujant architektui P.Putiniui, dirbusiam ir prie Pažaislio vienuolyno statybų. 1700 m. birželio 30 d. pašventintai bažnyčiai suteiktas Dievo Kūno vardas.
1776 m. pradėtas statyti vienuolynas. XVII a. pastatyta oficina ir ūkiniai trobesiai. XIX a. ansamblis jau užėmė kompaktišką stačiakampį kvartalą. Vienuolyno korpusas dalijo sklypą į du beveik stačiakampius kiemus, kurių viename, prie Vilniaus g., buvo pagrindinis įėjimas į vienuolyno namą. Toks situacijos planas ir ansamblio pastatų išsidėstymas erdviuose kiemuose yra vienintelis Lietuvoje.
Per 1812 m. Napoleono karus sudegė baldai, vargonai, altorių medinės dalys. 1818 m. interjeras atstatytas, įrengti nauji vargonai, mūrinė sakykla. 1845 m. rusų caro Nikolajaus I įsakymu vienuolynas ir bažnyčia uždaryti. Vienuolynas atiduotas rusų gimnazijos mokytojų butams, o bažnyčia 1863–1866 m. rekonstruota į rusų gimnazijos mokinių stačiatikių cerkvę.
1919 m. dominikonų ansamblis grąžintas Kauno kurijai. 1920–1921 m. bažnyčia iš dalies rekonstruota: nugriautas medinis bokštas, interjere panaikintas ikonostasas, įrengti altoriai. Fasadai liko nepakeisti. 1922 m. tapo VDU studentų bažnyčia. 1965 m. pagal architekto V.Parčiausko projektą pritaikyta kino teatrui „Santaka“ (veikė iki 1990 m.). Bažnyčiai buvo nugriauti bokštai, iššimti varpai, stipriai suniokiotas vidus. Dabar joje vyksta naktinės adoracijos.
Dominikonų, kurie yra pamokslininkų ir teologų ordinas, pasirinkimas šiai bažnyčiai nebuvo atsitiktinis. Jie siekė, kad architektūra ir liturginė erdvė skatintų gilią kontempliaciją apie Kristaus auką. Nors išorė gali atrodyti barokinė, viduje esanti altarijų kompozicija ir sakralinių paveikslų ikonografija turėjo vesti tikintįjį prie mistinio susitikimo su Eucharistiniu Jėzumi. Be to, Kauno dominikonai turėjo stiprius ryšius su Vilniaus universiteto teologijos fakultetu, todėl bažnyčia tapo savotiška platforma, kurioje praktinė pamokslininkystė susijungė su aukštąja teologine mintimi. Tai buvo vieta, kur tikėjimo tiesos buvo ne tik skelbiamos, bet ir vizualiai įtvirtinamos.