Prie Vadžgirio dvaro 1676 m. pastatyta koplyčia. Juozapas Vaitkevičius 1790 m. pastatė medinę bažnyčią. Ji buvo Viduklės parapijos filija. XIX a. pirmojoje pusėje veikė parapinė mokykla. Kunigas Jurgis Beniusevičius 1850 m. bažnyčią padidino. 1903–1905 m. bažnyčia gerokai remontuota, įsigyti varpai. 1905 m. įsteigta parapija. Klebono Juozapo Dargužo rūpesčiu 1907 m. inžinierius Vaclovas Michnevičius suprojektavo mūrinę bažnyčią.
1908–1911 m. veikė J. Dargužo įsteigta „Saulės“ draugijos mokykla. Po Pirmojo pasaulinio karo klebono Povilo Katelės iniciatyva pradėta statyti mūrinė bažnyčia. Nebaigtoje įrengti bažnyčioje 1924 m. pradėtos laikyti pamaldos. Vadžgiryje aktyviai veikė pavasarininkų kuopa. Ji 1932 m. turėjo styginių instrumentų orkestrą, chorą, veikė abstinentų sekcija.
Kai buvo statoma dabartinė mūrinė bažnyčia, klebonas Juozapas Dargužas ne tik rūpinosi statybomis, bet ir puoselėjo vietos kultūrą. Jis suprato, kad tikėjimas gyvena ne tik sienose, bet ir žmonių širdyse bei jų bendruomeniniame gyvenime. Pavyzdžiui, jo iniciatyva įsteigta „Saulės“ mokykla rodo, kad dvasinis ugdymas buvo glaudžiai susijęs su švietimu. Bažnyčia per visą savo gyvavimą buvo ne tik maldos namai, bet ir stiprus bendruomenės centras, kur žmonės mokėsi ir augo kartu. Tai liudija apie gilią krikščioniškąją dvasią, kuri Vadžgiriui padėjo išlikti.