Kvetkų filija minima 1744 m. Dvarininkai Kamarauskai Kvetkuose 1770 m. įkūrė reguliariųjų atgailos kanauninkų vienuolyną. 1769 m. įsteigta parapija. Pranciškus Kamarauskas 1772 m. pastatė bažnyčią. Ją 1777 m. konsekravo vyskupas Feliksas Jonas Tovianskis. 1848 m. pastatyta klebonija, 1884 m. – kitas parapijos gyvenamasis namas.
1875 m. bažnyčia padidinta. 1880 m. pastatyta nauja mūrinė varpinė. Per Pirmąjį pasaulinį karą trys varpai išvežti į Vokietiją. 1919 m. įsteigta pavasarininkų kuopa. Klebono Povilo Šalučkos rūpesčiu 1932 m. įsigyti du nauji varpai.
Bažnyčios statyba 1772 metais, tikėtina, buvo greitas darbas, nes jau 1777 metais ji buvo pašventinta. Tai rodo didelį vietinių tikinčiųjų ir Kamarauskų šeimos entuziazmą. Įdomu tai, kad bažnyčios titulavimas Šv. Jonu Krikštytoju pabrėžia krikšto sakramento svarbą. Jonas Krikštytojas yra tas, kuris paruošė kelią Jėzui, o tai bažnyčioje simbolizuoja nuolatinį kvietimą atgailai ir pasiruošimui priimti Dievo malonę.
Kai 1875 metais bažnyčia buvo padidinta, tai liudija augančią bendruomenę ir stiprų tikėjimą. Be to, varpų istorija yra savotiška. Varpai, išvežti karo metu, buvo ne tik metalo gabalai, bet ir bendruomenės balsas, kviečiantis į pamaldas ir skelbiantis svarbius įvykius. Naujų varpų įsigijimas 1932 metais buvo džiaugsmingas įvykis, simbolizuojantis atgimimą po sunkumų.