Iki 1870 metų egzistavusios Popiežiaus valstybės turėjo savo teisinę sistemą, kurioje buvo taikoma mirties bausmė ir ilgesnės įkalinimo bausmės. Romoje veikė keli kalėjimai, kuriuose buvo laikomi nusikaltėliai, nuteisti pagal bažnytinę teisę. Žymiausias buvo Castel Sant’Angelo, kuris ilgą laiką tarnavo kaip tvirtovė, popiežiaus rezidencija ir kalėjimas. Čia buvo laikomi tiek politiniai kaliniai, tiek tie, kurie buvo apkaltinti erezija ar pasikėsinimu į Bažnyčios autoritetą.
1929 m. Laterano sutartimi įsteigtas Vatikanas kaip nepriklausoma valstybė. Naujoje valstybėje nebuvo numatyta didelio kalėjimo – dėl mažo ploto ir gyventojų skaičiaus tokia infrastruktūra būtų nepraktiška. Vietoje to buvo įrengtos laikino sulaikymo kameros, kurias prižiūri Vatikano gvardija ir Gendarmerija. Šios patalpos skirtos tik trumpalaikiam sulaikymui, pavyzdžiui, kai įvykdomas nusikaltimas Vatikano teritorijoje.
Pagal susitarimą su Italija, asmenys, nuteisti Vatikane ilgesnėms bausmėms, perkeliami į Italijos kalėjimus. Tai reiškia, kad Vatikanas pats neturi ilgalaikio kalėjimo sistemos. Tokia praktika leidžia išlaikyti valstybės suverenitetą, bet kartu užtikrina, kad bausmės būtų vykdomos tinkamai.
Nors Vatikanas neturi tradicinio kalėjimo, kalėjimų tema yra itin svarbi popiežių pastoracijoje. Popiežius Jonas Paulius II, Benediktas XVI ir ypač Pranciškus dažnai lankėsi kalėjimuose, pabrėždami atgailos, atleidimo ir vilties reikšmę. Popiežius Pranciškus ne kartą šventė Didžiojo ketvirtadienio Mišias kalėjimuose, plaudamas kojas kaliniams kaip simbolinį gestą.
2024 m. Popiežius Pranciškus pirmą kartą istorijoje atidarė Jubiliejaus Šventąsias duris kalėjime – Rebibbia komplekse Romoje