4 Kybartų kaimo ūkiai 1598 m. dovanoti Virbalio bažnyčiai. Virbalio klebonas kaimo kapinėse 1696 m. pastatė koplyčią. Ji po 1795 m. sunyko. 1907 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius, 1909 m. – Krikščionių darbininkų draugija. 1912 m. įsteigta gimnazija. Jos kapelionas Visgirda pastatė mokinių koplyčią. 1919 m. įsteigta „Žiburio" progimnazija.
Po Pirmojo pasaulinio karo pamaldos laikytos neveikiančioje Kybartų Šv. Aleksandro Neviškio cerkvėje, geležinkelio sandėlyje. Klebono S. Čepulio rūpesčiu pagal architekto Vytauto Landsbergio-Žemkalnio projektą 1927–1928 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Per Antrąjį pasaulinį karą apgriauta. Po karo remontuota.
Kybartuose klebonavo kunigas Sigitas Tamkevičius, Tikinčiųjų teisių gynimo komiteto narys; 1978 m. teistas (1988–1989 m. vėl Kybartų klebonas), rengė rekolekcijas. 1978–1980 m. kunigavo Virgilijus Jaugelis (1948–1980), 1974 m. teistas už „Lietuvos katalikų bažnyčios kronikos" dauginimą (palaidotas šventoriuje).