Alytuje, Nemuno kairiajame krante, 1670 m. pastatyta Šv. Jurgio bažnyčia. Ji buvo ir 1703 m. Ilgainiui sunyko arba sudegė. Vėliau pastatyta medinė Šv. Angelų Sargų bažnyčia. 1797 m. įkurta parapija.
1820–1825 m. klebonavęs Nikodemas Dubrovskis pastatė medinę varpinę. Klebonas Andrius Cechanavičius (Alytuje 1829–1868 m.) 1830 m. pastatė naują bažnyčią. 1876 m. klebonu paskirtas Sebastijonas Banevičius 1878 m. bažnyčią padidino, pristatė dvi koplyčias.
1889–1919 m. klebonavęs Mykolas Migauskas 1905 m. bažnyčią pailgino, apkalė lentomis, aptvėrė šventorių. Alytaus vikaras Vincas Dargis už draudžiamos lietuviškos spaudos platinimą 3 m. ištremtas į Černigovo guberniją, o atlikus bausmę neleista įsikurti lietuviškoje parapijoje. 1907 m. įsteigtas „Žiburio“ draugijos skyrius, įkurta biblioteka – skaitykla (pirmininkas kunigas M. Migauskas). 1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Po Antrojo pasaulinio karo klebonas Leonardas Kavaliauskas bažnyčią suremontavo.
Bažnyčios gyvenime svarbų vaidmenį suvaidino ir blaivybės judėjimas. Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyriaus veikla rodo, kad tikėjimas buvo glaudžiai susijęs su moraliniu atgimimu ir rūpesčiu dėl bendruomenės gerovės. Tai buvo ne tik pamaldų vieta, bet ir dvasinio ugdymo centras.
Įdomu tai, kad klebonas Mykolas Migauskas, ilgai tarnavęs bažnyčiai, rūpinosi ne tik pastato išlaikymu, bet ir švietimu, įsteigdamas biblioteką skaityklą. Tai liudija apie to meto kunigų supratimą, kad tikėjimas turi sklisti per žodį ir žinias. Ši bažnyčia buvo tikras dvasinis uostas Alytaus krašte. Jos istorija rodo, kaip tikėjimas padėjo išsaugoti lietuvybę.