Vaidatonių dvarininkas Matas Minmantas 1797 m. pastatė bažnyčią. Jai 1801 m. paskirtas valakas žemės, įkurta parapija. Stulgiuose 1828–1829 m. vikaravo poetas ir vertėjas Antanas Savickis (apie 1782–1836). Vikaras Matas Veitas 1863 m. ištremtas į Archangelsko guberniją. 1867 m. bažnyčia buvo apgriuvusi ir gerokai remontuota.
Dabartinė mūrinė bažnyčia pagal Juzefo Pijušo Dziekonskio projektą už 70 000 rublių pastatyta 1910 m. Statyba rūpinosi klebonas Antanas Skinderis, populiarių knygelių autorius, periodinės spaudos bendradarbis.
Bažnyčios statytojas klebonas Antanas Skinderis pasižymėjo neįprastu uolumu. Jis suprato, kad tikėjimas turi pasiekti kaimo žmogų paprasta kalba, todėl rašė naudingas knygeles, kurios skatino dorybingą gyvenimą bei meilę artimui. XIX amžiuje čia dirbęs vikaras Antanas Savickis garsėjo kaip jautrus vertėjas, giedojęs giesmes ir gilinęs parapijiečių maldos dvasingumą. Tokie dvasininkai kaimo bendruomenėje palaikė gyvą viltį sunkiais istorijos laikotarpiais. Šiandien ši mūrinė šventovė išlieka svarbi vieta, kurioje žmonės ieško dvasinės ramybės, stiprybės kasdienybėje ir bendrystės su Kūrėju.