1724 m. pastatyta koplyčia ar bažnyčia. 1782 m. vizitacijų aktuose nurodyta supuvusi bažnyčia. Kunigas Juozapas Poviliauskas su parapijiečiais 1859 m. ją perstatė ir padidino. 1882–1914 m. Skudutiškyje kunigo nebuvo (bažnyčia buvo Molėtų parapijos filija). 1915 m. paskirtas kunigas Julijonas Svirskis pastatė kleboniją, įsteigė lietuvių mokyklą, 1922 m. įkurta parapija.
1927 m. paskirtas klebonas Stanislovas Čelkus su parapijiečiais 1939 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Jis 1946 m. suimtas ir nuteistas 10 m. kalėti. Į Lietuvą grįžo 1956 m.
Skudutiškio Švč. Trejybės bažnyčios istorija – tai tikėjimo ir atkaklumo liudijimas, atspindintis sudėtingą Lietuvos istoriją. Supuvusi 1782 metais, ji nepasidavė laiko gniuždymui, o buvo atstatyta ir praplėsta parapijiečių ir kunigo Juozapo Poviliausko pastangomis. Šis atstatymas simbolizuoja tikėjimo atgimimą, panašiai kaip Paulius laiške Romiečiams rašo: „Nes aš tikiu, kad nei mirtis, nei gyvenimas, nei angelai, nei valdžios, nei dabartis, nei ateitis, nei galybės, nei aukštis, nei gelmė, nei koks kitas kūrinys negalės mūsų atskirti nuo Dievo meilės, kuri yra Kristuje Jėzuje, mūsų Viešpatyje.“ (Rom 8, 38-39).
Net ir laikotarpiu, kai nebuvo nuolatinio kunigo, tikėjimas išliko gyvas, o bažnyčia – svarbi bendruomenės susitikimo vieta. Kunigo Julijono Svirskio veikla, įsteigiant mokyklą, rodo, kad bažnyčia siekė ne tik dvasinio, bet ir visuomeninio gerbūvio. Klebono Stanislovo Čelkaus pastangomis iškilo dabartinė medinė bažnyčia – liudijimas apie tvirtą tikėjimą ir atkaklumą net sunkiausiomis aplinkybėmis. Jo suėmimas ir kalinimas – skaudi, tačiau tikėjimo kontekste suprantama auka, primenanti Kristaus kančią ir atpirkimą. Bažnyčios istorija yra gyvas liudijimas apie Dievo meilę, kuri peržengia visas kliūtis ir išlaiko tikėjimą gyvą net ir sunkiausiomis aplinkybėmis. Ši bažnyčia, kaip ir daugelis kitų, yra ne tik architektūros paminklas, bet ir gyvas tikėjimo simbolis. Ji liudija apie žmonių ryšį su Dievu, kuris išlieka per kartas ir išbandymus.