Šilėnai iki 1500 m. paskirti Vilniaus kapitulai. 1725 m. pastatyta medinė bažnyčia. 1765 m. Šilėnų altarijai paskirta turto. 1855 ir 1962 m. bažnyčia atnaujinta. 1922 m. įkurta parapija. Garsėja Švč. Trejybės ir Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų atlaidais.