Šiauliuose 1930 m. įsikūrė jėzuitų misija. Kunigo Benedikto Andruškos (pirmojo rektoriaus) rūpesčiu 1936 m. pastatyta mūrinė oratorija. Tada čia buvo vienas kunigas ir du broliai jėzuitai. Iki 1944 m. pasikeitė keturi rektoriai. Jie buvo kartu ir jėzuitų misijos vyresnieji. 1948 m. pavasarį kunigas Antanas Šeškevičius ištremtas, bažnyčia uždaryta. Bažnyčią uždarius, joje buvo įrengtas sandėlis, vėliau sporto salė.
Šiaulių Šv. Ignaco Lojolos bažnyčios istorija – tai tikėjimo ir atsparumo sovietų okupacijai liudijimas. Jėzuitų atėjimas į Šiaulius 1930 metais žymėjo naują dvasinio gyvenimo etapą mieste. Oratorijos statyba, nors ir kukli, simbolizavo tvirtą jėzuitų siekį skleisti tikėjimą. Keturių rektorių tarnystė iki 1944 metų atspindi nuolatinį dvasinį darbą, stiprinant bendruomenę ir skleidžiant krikščioniškąsias vertybes. Bažnyčios uždarymas 1948 metais, pavertimas sandėliu ir sporto sale – tai skausmingas, bet ne laužiantis tikėjimo išbandymas. Kaip rašė šv. Paulius: „Viską galiu Jėzuje Kristuje, kuris mane stiprina“ (Filipiečiams 4, 13), tikėjimas išliko net ir tada, kai bažnyčios sienos buvo uždarytos. Šv. Ignacas Lojola, kuriam skirta bažnyčia, pats patyrė daug išbandymų, tačiau išliko ištikimas savo tikėjimui. Jo gyvenimo pavyzdys tikriausiai įkvėpė ir Šiaulių jėzuitus išlikti tvirtiems savo tikėjime net ir sunkiausiomis aplinkybėmis. Bažnyčios atgimimas po sovietų okupacijos būtų puikus liudijimas apie tikėjimo atkaklumą ir Dievo malonę. Ši istorija primena, kad tikėjimas yra ne tik pastatai, bet ir žmonių širdyse gyvenanti viltis, kurią net represijos negali sunaikinti. Šiaulių Šv. Ignaco Lojolos bažnyčia – tai ne tik architektūros paminklas, bet ir gyvas tikėjimo liudijimas.