1503 m. Perlojos bažnyčios apdovanojimo dokumente nurodyta, kad ji statyta Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytauto, yra Daugų filija. Apie 1777 m. pastatyta maumedžio rąstų bažnyčia, įkurta parapija. 1866 m. caro valdžiai uždarius bažnyčią, tikintieji 1875, 1882 ir 1892 m. prašė ją grąžinti, bet valdžia nesutiko.
1903 m. patvirtintas naujos bažnyčios projektas. Valdžia statyti neleido, tik 1906 m. grąžino uždarytąją; atkurta parapija. 1909 m. patvirtintas mūrinės bažnyčios projektas (aut. M. Bergas), leidimas statyti gautas tik 1914 m. Klebonas Pr. Cibulskis su parapijiečiais (už 140 000 litų) 1928–1930 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią (inž. Vaclovo Michnevičiaus projektas). Ją 1930 m. konsekravo vyskupas Juozapas Kukta. Vokietijos okupacijos metais bažnyčią dekoravo Varšuvos meno akademijos profesorius J. Hopenas (vokiečių belaisvis).
1944 m. per Perlojos gaisrą sudegė klebonija.
Mažai kas žino, jog bažnyčios viduje esantys J. Hopeno darbai yra unikalus karo meto liudijimas. Profesorius, būdamas belaisviu, savo kūryba tarsi sujungė kančią su viltimi, paversdamas bažnyčios sienas maldos ir ramybės oaze. Tai nebuvo tiesiog dekoravimas, o tylus dvasinis pasipriešinimas tamsai.
Dar vienas svarbus akcentas yra parapijiečių vienybė. Kai valdžia draudė statybas, žmonės nepasidavė, o jų atkaklumas tapo tikru tikėjimo išbandymu. Ši bažnyčia nėra vien akmenų krūva, tai paminklas perlojiškių užsispyrimui išsaugoti savo ryšį su Dievu. Kiekvienas šios šventovės kampelis mena kartas, kurios nepaisydamos jokių draudimų, rinkdavosi čia ieškoti paguodos. Tai vieta, kurioje istorija tampa gyva, o malda įgauna ypatingą svorį, primindama, kad tikėjimas nugali visas kliūtis.