Gintališkės seniūnas Notėnų kapų koplyčiai 1789 m. dovanojo sklypą žemės, o vietoj koplyčios pastatė bažnyčią. Po kurio laiko Gintališkės klebonas persikėlė į Notėnus, kur gyveno iki 1853 m. Bažnyčia 1906 m. padidinta, pakeisti supuvę sienojai, pristatytas bokštas.
1929 m. įkurta parapija. Nuo 1977 m. Notėnų bažnyčią aptarnavo skuodiškis kunigas Stanislovas Vaitelis (1906–1990), (1949–1956 m. ištremtas; palaidotas šventoriuje). Jis išdažė bažnyčią, atnaujino jos stogą.
Įdomu tai, kad bažnyčios viduje esantys altoriai išlaikė liaudiškojo baroko bruožus, kurie primena, jog paprastas kaimo žmogus Dievą įsivaizdavo per grožį ir spalvas. Kunigas Stanislovas Vaitelis, kurio atminimas čia itin gerbiamas, buvo ne tik dvasinis ganytojas, bet ir tikras bažnyčios meistras. Pasakojama, kad jis pats prisidėdavo prie remonto darbų, taip rodydamas, jog rūpestis Dievo namais yra toks pat šventas darbas kaip ir mišių aukojimas. Šventoriuje palaidotas kunigas iki šiol tarsi saugo parapiją, primindamas apie ištvermę sunkių tremties metų akivaizdoje. Ši bažnyčia nėra tik pastatas iš medžio, tai gyvas liudijimas, kaip per šimtmečius žmonės sugebėjo išsaugoti savo tikėjimą net ir tada, kai aplinkybės buvo itin nepalankios. Kiekvienas čia užsukęs gali pajusti tą ypatingą, tylią ramybę, kurią sukūrė daugybė kartų, čia atėjusių su savo maldomis ir viltimis.