Kunigo Gečo rūpesčiu 1671 m. pastatyta medinė bažnyčia. Ji buvo Žarėnų parapijos filija. 1769 m. pastatyta nauja bažnyčia, 1881 m. pailginta. 1890 m. apmūrytas šventorius, 1891 m. pastatyta mūrinė varpinė (Ustino Golinevičiaus projektas). Klebono Kazimiero Malinausko rūpesčiu 1901–1902 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia (Nikolajaus Andrejevo projektas). 1907 m. įsigyti nauji vargonai, 1913 m. įkurta parapija. Medingėnuose klebonavo iš kalėjimo (1950–1956) grįžęs Jonas Paliukas (1913–1990), 1968 m. išleisto „Liturginio maldyno" autorius.