Leipalingio dvaras 1508 m. paskirtas stačiatikiui Jonui Sapiegai. Jis pastatė cerkvę. Apie 1570 m. ji sudegė, buvo atstatyta. Minima dar 1616 m. Vėliau sunyko. Povilo Sapiegos (mirusio 1570 m.) sūnūs perėjo į katalikybę ir iki 1611 m. pastatė bažnyčią.
1611 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. Gal apie 1655 m. bažnyčia sudegė, nes 1674 m. minima nauja, medinė. Prie jos veikė prieglauda. XVII a. antrojoje pusėje Leipalingis buvo Merkinės Dominikonų bažnyčios filija. 1771 m. minima sena medinė bažnyčia. 1778 m. įkurta parapija. 1785 m. bažnyčia, varpinė ir šventoriaus tvora sudegė. Pastatyta laikina.
Dabartinę mūrinę bažnyčią 1806 m. pradėjo statyti Vilniaus kapitulos kanauninkas kunigas Antanas Kraševskis. Jis jai dovanojo pinigų (1820 m. palaidotas bažnyčios rūsyje). 1821 m. pastatyta bažnyčia konsekruota. Klebonas Jurgis Andriušis su parapijiečiais 1873 m. bažnyčią suremontavo, pastatė naują didįjį altorių (įrengė Varšuvos dailininkas E. Ceglarskis). 1885 m. pastatyta varpinė.
1911 m. įkurtas „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas Juozas Laukaitis). 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. 1915 m. birželio 24 d. sudegė parapijos salė. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia suremontuota.
Leipalingio Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų bažnyčios istorija atspindi sudėtingą religinį kraštovaizdį, kuriame katalikybė ir stačiatikybė kūrėsi ir kariavo tarpusavyje. Cerkvės statymas ir vėlesnis jos sudegimas bei atstatymas simbolizuoja nepastovų tikėjimo kelią, kupiną išbandymų ir atgimimų. Sapiegos šeimos konversija į katalikybę ir naujos bažnyčios statyba liudija apie religinės orientacijos pokyčius, kurie turėjo įtakos ir bendruomenės gyvenimui. Metrikų knygų rašymas nuo 1611 m. pabrėžia bažnyčios svarbą ne tik kaip maldos namų, bet ir kaip svarbaus bendruomenės istorijos saugotojo. Pakartotinis bažnyčios sudegimas ir medinės bažnyčios statyba rodo, kad tikėjimas išliko net ir susidūrus su fiziniais sunkumais. Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų šventė, kuriai skirta bažnyčia, yra svarbi katalikų šventė, švenčianti Marijos dangiškąją garbę ir jos vaidmenį krikščionybės istorijoje. Kaip rašė Augustinas: "Mylėk Dievą ir daryk, ką nori." Bažnyčios istorija primena apie nuolatinę tikėjimo kovą ir jo išlikimą net ir nepalankiausiomis aplinkybėmis. Tai vieta, kur bendruomenė susiburdavo ne tik maldai, bet ir bendrystės jausmui stiprinti. Prieglaudos veikimas prie bažnyčios rodo, kad krikščionių tikėjimas reiškėsi ne tik maldoje, bet ir praktiškoje meilėje artimui. Bažnyčios istorija yra liudijimas apie Dievo meilę ir žmonių tikėjimą, kuris išliko net ir per audras. Ši istorija yra ne tik architektūros paminklas, bet ir gyvas tikėjimo liudijimas.