Dalis Linkmenų parapijos su bažnyčia 1920 m. liko Lenkijos okupuotoje teritorijoje. Okupacinė valdžia 1925 m. iškėlė bylą Linkmenų klebonui Juozui Breivai už lietuvių kultūrinę veiklą. Jis pabėgo į Kirdeikius ir pradėjo rūpintis bažnyčios statyba. Lietuvos valdžia skyrė miško medžiagos ir 35 000 litų. 1926–1927 m. medinė bažnyčia buvo pastatyta (projektavo ir statybą prižiūrėjo inž. Litas). 1927 m. vyskupas Juozapas Kukta bažnyčią konsekravo. Kirdeikių klebonas J. Breiva stiprino lietuvybę, rėmė lietuvių partizanų judėjimą (mirė 1939 m. Palaidotas bažnyčios šventoriuje). Kirdeikiuose gimė lietuvių atgimimo veikėjas, poetas, aušrininkas, kunigas Silvestras Gimžauskas (1844–1897). 1936 m. pašventinti S. Gimžausko parapijos namai.