Dalis Linkmenų parapijos su bažnyčia 1920 m. liko Lenkijos okupuotoje teritorijoje. Okupacinė valdžia 1925 m. iškėlė bylą Linkmenų klebonui Juozui Breivai už lietuvių kultūrinę veiklą. Jis pabėgo į Kirdeikius ir pradėjo rūpintis bažnyčios statyba. Lietuvos valdžia skyrė miško medžiagos ir 35 000 litų. 1926–1927 m. medinė bažnyčia buvo pastatyta (projektavo ir statybą prižiūrėjo inž. Litas). 1927 m. vyskupas Juozapas Kukta bažnyčią konsekravo. Kirdeikių klebonas J. Breiva stiprino lietuvybę, rėmė lietuvių partizanų judėjimą (mirė 1939 m. Palaidotas bažnyčios šventoriuje). Kirdeikiuose gimė lietuvių atgimimo veikėjas, poetas, aušrininkas, kunigas Silvestras Gimžauskas (1844–1897). 1936 m. pašventinti S. Gimžausko parapijos namai.
Įdomu tai, kad šventovė buvo pastatyta be didelių puošmenų, nes pagrindinis tikslas buvo greitai turėti vietą, kur žmonės galėtų laisvai melstis ir jausti savo bendruomenės ryšį su Dievu, nepaisant politinių sunkumų. Sakoma, kad kunigas Breiva, rūpindamasis bažnyčios statyba, pats daug dirbo prie jos kėlimo, nebijodamas fizinio darbo. Tai buvo tikėjimo ir tautiškumo derinys.
Be to, bažnyčios šventoriuje palaidotas kunigas Breiva yra ne tik partizanų rėmėjas, bet ir pavyzdys, kaip kunigas gali būti tikras tautos ganytojas. Jo kapo vieta tapo savotiška tylia vieta, kur žmonės meldžiasi už laisvę ir tikėjimą. Ši bažnyčia išliko kaip tvirtovė, kurioje lietuviška dvasia buvo saugoma per sunkius dešimtmečius.