Triobiuose (taip tada vadinosi Kalvarija) 1705 m. pastatyta bažnyčia (rūpinosi kunigas Jonas Sabaliauskas). 1708 m. miestelyje skirti 4 sklypai: mokytojui, mokyklai, prieglaudai ir vargonininkui. Vėliau klebonijai išlaikyti paskirti 3 valakai žemės. Parapijos reikalams 1721 m. atiduotas Menkupių kaimas. 1728 m. įkurta parapija. Apie 1770 m. kunigas Petras Vimboras bažnyčią pailgino – pristatė 2 bokštus ir prieangį. XVIII a. pab.-XIX a. antrojoje pusėje veikė parapinė mokykla. 1818 m. audra apgriovė bažnyčią.
1838–1840 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1843 m. konsekravo vyskupas Povilas Strašinskis. Iš senosios bažnyčios medžiagos 1838 m. pastatyta klebonija. 1902 m. bažnyčia paplatinta, pristatytos šoninės navos, bokštai. Nuo 1906 m. kas antrą sekmadienį bažnyčioje pradėta giedoti lietuviškai. Lenkiškai kalbantys miestelėnai nuolat trukdė, kėlė riaušes, nuo 1907 m. liovėsi. 1906 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius. 1907 m. įkurta biblioteka – skaitykla. 1908 m. pradžioje įsteigta „Žiburio“ pradžios mokykla. Žiburiečiai Kalvarijoje rengdavo viešus lietuviškus vakarus su vaidinimais.
Kalvarijos Švč. Mergelės Marijos Vardo bažnyčios istorija – tai tikėjimo ir atkaklumo liudijimas. Nuo kuklios 1705 m. pastatytos medinės bažnyčios iki dabartinės mūrinės – tai ilgas kelias, kupinas išbandymų, kaip ir pati Kristaus kančios kelio alegorija, kurią simbolizuoja Kalvarijos vardas. 1818 m. audra, sugriovusi senąją bažnyčią, prilygo žmogaus gyvenime iškylančioms nelaimėms, tačiau, kaip sakoma Psalmyne: „Aš pakėliau akis į kalnus – iš kur ateis man pagalba? Mano pagalba – iš Viešpaties, kuris padarė dangų ir žemę.“ Naujos bažnyčios statyba (1838-1840 m.) tapo tikėjimo atgimimo simboliu, o jos konsekracija 1843 m. – Dievo palaimos ženklu. Parapijos steigimas ir žemės skyrimas bažnyčios ir mokyklos išlaikymui liudija apie ankstyvųjų bendruomenių rūpestį dvasiniu ir intelektualiniu parapijiečių ugdymu. Ši bažnyčia, kaip ir daugelis kitų, tapo ne tik maldos vieta, bet ir bendruomenės centru, kur žmonės susiburdavo ne tik religiniams ritualams, bet ir bendram gyvenimui, tarpusavio pagalbai ir palaikymui. Juk, kaip rašė šv. Augustinas, „Mylėk ir daryk, ką nori“. Bažnyčios istorija mena ne tik fizinius statinius, bet ir dvasinį parapijiečių gyvenimą, jų tikėjimą ir meilę Dievui. Ji yra gyvas liudijimas apie Dievo buvimą žmonių gyvenime ir Jo amžiną meilę. Kalvarijos Švč. Mergelės Marijos Vardo bažnyčia – tai ne tik pastatas, bet ir gyva bendruomenė, kurioje tęsiasi tikėjimo tradicija ir skleidžiasi Dievo žodis.