Juodupėje 1936 m. pastatyta ir pašventinta medinė koplyčia (18 × 6 m). Jos rektoriumi paskirtas kunigas Jonas Bubas (1901–1969). Jo rūpesčiu 1938 m. pagal inžinieriaus Petro Lėlio projektą pastatyta medinė, kryžminio plano, 3 navų vienabokštė bažnyčia. Ji 1944 m. sudegė. Mokykloje įrengta koplyčia, 1946 m. perkelta į klebonijos daržinę. Ji 1987 m. apdegė. Klebono Prano Sabaliausko rūpesčiu suremontuota.