Iki 1636 m. pastatyta koplyčia. Apie 1685 m. Kaimelio (Kidulių) dvaro savininkas Jeronimas Krišpinas-Kiršenšteinas pastatė namą ir jame įrengė koplyčią. Joje 1737–1739 m. pamaldas laikydavo Žemaičių vyskupas Juozapas Mykolas Karpis (palaidotas koplyčios rūsyje). Koplyčia buvo Jurbarko parapijos filija. Iki 1839 m. joje (padidintoje) laikytos pamaldos. XIX a. pabaigoje koplyčia nugriauta, jos vietoje pastatyta klebonijos klėtis. Kaimelio savininkas Benediktas Tiškevičius 1860 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Ją 1885 m. konsekravo pavyskupis Juozapas Olekas. Po Antrojo pasaulinio karo suremontuota.
Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia, nors ir medinė, išliko svarbiu Kaimelio kaimo dvasinio gyvenimo centru. Joje tikriausiai buvo laikomos pamaldos pagal tradicinį katalikų apeigų ritmą, žyminčius svarbiausias metų šventes – Kalėdas, Velykas, Sekmines. Galima įsivaizduoti, kaip bendruomenė rinkdavosi į šią šventovę, meldėsi už savo artimuosius, dėkodama už Dievo malonę ir prašydama pagalbos sunkmečiu. Šv. Arkangelo Mykolo, kaip galingo dangiškojo kario, globojimas tikriausiai suteikė kaimo gyventojams vilties ir stiprybės. Minint šventojo vardą, prisimename Biblijos aprašymą apie Mykolo kovą su Šėtonu (Apreiškimo 12, 7-9), simbolizuojantį dvasinę kovą tarp gėrio ir blogio, kurioje tikėjimas ir malda yra svarbiausi ginklai.
Bažnyčios istorija byloja apie pastovų tikėjimo išsaugojimą net ir sudėtingais laikotarpiais – nuo ankstyvosios koplyčios iki dabartinės medinės bažnyčios. Tai liudija tvirtą kaimo bendruomenės ryšį su Dievu ir Bažnyčia. Kaip rašė šv. Augustinas: „Mūsų širdis neramios, kol neras ramybės Dieve.“ Kaimelio gyventojai, statydami ir puoselėdami savo šventovę, ieškojo būtent šios ramybės ir dvasinės stiprybės. Galbūt bažnyčios sienos mena daugybę maldų, giesmių ir dvasinių patirčių, kurios formavo kaimo gyventojų tikėjimą ir tapatybę. Šv. Arkangelo Mykolo bažnyčia Kaimelyje – tai ne tik architektūros paminklas, bet ir gyvas liudijimas apie tikėjimo stiprybę ir bendruomenės ryšį su Dievu per amžius.