Apie 1600 m. pastatyta medinė koplyčia. Ji minima 1669 m. Jūžintų dvaro savininkas Gediminas Rajeckas 1695 m. pastatė medinę bažnyčią, įkurdino reguliariuosius atgailos kanauninkus.
Jiems 1695 m. dovanotas Nabagiškio palivarkas. Prie bažnyčios veikė Šv. Barboros brolija, 1761 m. suburta vienuolio kunigo Tado Plakevičiaus, kuris parašė ir kelių leidimų sulaukusią „Patronkaj szciesliwos smerties Barboraj Swentaj karunką”. 1783 m. įkurta parapija. Dvaro savininkas Mykolas Veisenhofas (Weisenhof) 1792 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią.
Bažnyčia buvo pašventinta 1799 m. šv. arkangelo Mykolo titulu. Rusijos valdžia 1832 m. vienuolyną uždarė. Spaudos draudimo metu Jūžintuose veikė slapta mokykla. Mokykloje mokė Agota Raugytė ir Uršulė Raugytė, mokėsi 5 berniukai ir 6 mergaitės. Greta lietuvių kalbos nebuvo mokoma jokių kitų kalbų. XIX a. pab. ir XX a. pr. Jūžintai – draudžiamos lietuvių spaudos platinimo centras.
Bažnyčios varpai 1915 m. išvežti į Rusiją. Klebonas St. Žulys (Jūžintuose 1933–1944 m.) pastatė kleboniją, ūkinius trobesius, prieglaudą, suremontavo bažnyčią, 1938 m. nupirko plieninį varpą. Vargonai remontuoti 1938 ir 1947 m. Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia apnaikinta, 1958 m. suremontuota.
1972–1986 m. bažnyčioje klebonavo Pabaikalės ir Bauskės tremtinys Antanas Mitrikas.
Įdomu tai, kad Šv. Barboros brolija, veikusi prie bažnyčios, buvo skirta padėti žmonėms pasiruošti laimingai mirčiai. Tai buvo labai populiari pamaldumo forma, mokiusi, jog mirtis nėra pabaiga, o perėjimas į amžinybę. Kunigo Tado Plakevičiaus parašyta maldaknygė tapo tikru dvasiniu vadovu, kurį žmonės brangino ir skaitė namuose.
Mažai kas žino, kad bažnyčios architektūra suprojektuota taip, jog viduje susidaro ypatinga akustika, skatinanti susikaupimą. Kai 1915 metais varpai buvo išvežti, bendruomenė jautė didelį dvasinį tuštumą, nes varpų garsas kaimo žmogui buvo tarsi tiesioginis ryšys su Dievu. Nepaisant visų istorinių negandų, Jūžintų šventovė išliko kaip tikėjimo tvirtovė, kurioje kiekvienas akmuo mena ne vien pastatymo metus, bet ir čia gyvenusių žmonių nuoširdžias maldas bei viltį. Tai vieta, kurioje dvasinė ramybė dera su turtinga krašto istorija.