1526 m. Joniškyje Vilniaus vyskupo Jono rūpesčiu pastatyta bažnyčia, įkurta parapija. Pirmasis klebonas buvo Morkus Lančkis.
1626 m. pastatyta nauja mūrinė bažnyčia. Parapijai priklausė Gurkos palivarkas, Gulbinų, Kužių, Mykolaičiūnų, Nociūnų, Raudoniškių kaimai. Iš bažnyčios 1679 m. buvo likę tik griuvėsiai, ją reikėjo restauruoti. Inžinierius Ustinas Golinevičius 1888 m. parengė mūrinės bažnyčios perstatymo projektą. Leidimo statyti negauta.
1897 m. parengtas ir patvirtintas inžinieriaus Piotro Serbinovičiaus projektas. Klebono Liudviko Šiaučiūno rūpesčiu 1901 m. bažnyčia pastatyta. Statybą prižiūrėjo inžinierius Nikolajus Andrejevas. 1908 m. įsteigta „Saulės“ draugijos mokykla. 1908–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. 1918 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa. Joniškiečiai 1931 m. prie bažnyčios durų pastatė klebono L. Šiaučiūno skulptūrinį biustą (skulpt. Albertas Antinis).
Po Antrojo pasaulinio karo klebonas Petras Lažinskas parapijiečių padedamas bažnyčią suremontavo.