Inturkės bažnyčiai 1555 m. dovanotas Rudesos palivarkas su Kačergų kaimu. Antroji bažnyčia statyta iki 1674 m. Nauja bažnyčia pastatyta 1739 metais. XVIII a. veikė parapinė mokykla. 1763 m. įkurta Šv. Rožančiaus brolija. Iki 1782 m. pastatyta koplyčia. Dabartinė medinė bažnyčia pastatyta 1855 m. Klebono Petro Prunskio rūpesčiu 1908 m. rugpjūčio 9 d. Inturkėje surengtas pirmas viešas lietuvių vaidinimas.
1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. 1924 m. į Inturkę paskirtas klebonas Stanislovas Šlamas padėjo Kiprui Petrauskui baigti muzikos ir dainavimo studijas. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčią parapijiečių lėšomis suremontavo kunigai Vincentas Sladkevičius ir Mykolas Balnys.