Gudžiūnuose apie 1812 m. pastatyta koplyčia. Joje retkarčiais laikytos pamaldos. 1909 m. patvirtintas naujos bažnyčios projektas (archit. Stanislovas Kačkovskis). Kunigo Antano Masiulio iniciatyva iš koplyčios 1910–1911 m. pastatyta medinė bažnyčia. Ji buvo Vosyliškio parapijos filija. Iki 1927 m. įsteigta parapija.