Apie 1765 m. pastatyta Degenių kaimo koplyčia. 1783 m. Jurgis Gadonas kitoje vietoje, šalia kaimo, pastatė bažnyčią. Vietovę imta vadinti Gadūnavu.
1817 m. įsteigta parapija. Dar 1870 m. klebonas Vismontas, klebonavęs čia 30 metų, planavo statyti naują bažnyčią ir paskyrė 7000 rublių. Dabartinė mūrinė bažnyčia pastatyta 1901 m. kunigo Baltramiejaus Baltrėno rūpesčiu.
Gadūnavo Švč. Jėzaus Širdies bažnyčios istorija – tai gyvas tikėjimo liudijimas, atspindintis besikeičiančius laikus ir išliekančią tikėjimo ugnį. Nuo kuklios 1765 m. pastatytos koplyčios iki puošnios 1901 m. mūrinės bažnyčios – kelias kupinas Dievo malonės ir žmonių pastangų. 7000 rublių auka, skirta naujos bažnyčios statybai – tai akivaizdus klebono Vismonto atsidavimo ir tikėjimo stiprumo įrodymas, atspindintis Evangelijos žodžius apie pasiaukojimą ir meilę Dievui. Švč. Jėzaus Širdies pašventinimas bažnyčiai simbolizuoja Dievo begalinę meilę žmonijai, Jo atjaučiantį ir atleidžiantį širdies plakimą. Bažnyčios statybos istorija primena Švento Rašto istorijas apie Šventyklos statybą – žmonių rankų ir Dievo valios bendradarbiavimą. Kaip sako psalmininkas: „Viešpatie, tavo namai man brangūs“ (Ps 26, 8). Gadūnavo bažnyčia – tai ne tik pastatas, bet ir gyva bendruomenė, kurioje meldžiamasi, aukojamos šventosios Mišios ir stiprinamas tikėjimas. Ji yra dvasinė priebėga, kur žmonės ieško paguodos, vilties ir Dievo artumo. Bažnyčios istorija liudija apie nuolatinę Dievo veiklą žmonių gyvenime, net ir sunkiausiais laikais. Tai vieta, kur skelbiama Evangelija ir kur žmonės susitinka su gyvuoju Kristumi. Tikėjimas, ištikimybė ir meilė Dievui – tai vertybės, kurios formavo Gadūnavo Švč. Jėzaus Širdies bažnyčios istoriją ir tebėra jos pamatas. Ji liudija apie neblėstančią Dievo meilę ir žmonių atsidavimą tikėjimui.