Manoma, kad koplyčia Salose jau buvo iki 1775 m. 1781 m. vienas grafų Morikonių pastatė bažnyčią (ar koplyčią). 1792 m. pradėtos rašyti gimimo metrikų knygos. 1859 m. bažnyčia buvo medinė, sena, dengta šiaudais, turėjo du altorius. Šventorius aptvertas statinių tvora (pamatai mūriniai).
1867 m. pristatytos dvi zakristijos, suremontuoti vargonai, pakabinti varpai. Pagal architekto Georgo Vernerio projektą nauja dabartinė bažnyčia kunigo Kušleikos rūpesčiu pastatyta 1887–1888 m. Statybą parėmė grafienė M. Pšezdeckienė. Bažnyčios bokšte pakabinti 2 varpai. 1889–1901 m. įrengti altoriai.
1907 m. sudarytas Salų bažnyčios cirkulas. Prieš Pirmąjį pasaulinį karą veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos ir kitų draugijų skyriai. 1908 m. įsteigtas parapijos knygynėlis. Per Pirmąjį pasaulinį karą gerokai nukentėjo bažnyčios sienos, skliautai, nugriauti viršuje buvę bokšteliai. 1923 m. bažnyčia apdengta, 1939 m. gerokai remontuota. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčią remontavo klebonas Petras Nykštas.
1975 m. pataisyta šventoriaus mūrinė tvora su mediniais vartais. Klebonas Jonas Morkvėnas (1907–1981) pastatė kleboniją.