Iš Rusijos 1922 m. į Paisėte II (3,5 km į pietus nuo Saldutiškio) grįžo kunigas Antanas Maciulevičius (1882–1968) ir pradėjo ūkininkauti. Be to, jis dvaro rūmų salėje įrengė koplyčią ir pradėjo laikyti pamaldas. 1923 m. įkurta parapija. Į Saldutiškį paskirtas iš Rusijos grįžęs klebonas Stanislovas Švėgžda. Bažnyčia įrengiama buvusiame dvaro ūkiniame pastate.
1925–1928 m. ant jo akmenų mūro sienų surenčiama medinė bažnyčios dalis. Parapijos steigimu ir bažnyčios statyba rūpinosi ūkininkai Pelėda, Vladas Nasevičius, Vincas Stundžia, mokytojas Jonas Janonis. Žemės reformos komisija mūrinius Saldutiškio dvaro rūmus perdavė parapijai, juose įsikūrė klebonija. 1938 m. vyskupas Juozapas Kukta Saldutiškio parapiją perdavė vienuoliams saleziečiams. Parapijos administratorius buvo kunigas Juozapas Gustas (1906–1958), po Antrojo pasaulinio karo bolševikų suimtas, mirė Krasnojarsko srityje.
Saldutiškyje iki 1985 m. klebonavo dekanas Juozapas Masalskas (1923–1985), (palaidotas šventoriuje). Jis suremontavo ir išdažė bažnyčią. Iki mirties Saldutiškyje vikaravo A. Maciulevičius – paprastas, paslaugus, altruistas; pokario metais ganė kolūkio gyvulius.