Alsėdžiai 1421–1842 m. priklausė Žemaičių vyskupams, nuo 1465 m. – jų nuolatinė rezidencija. Apie 1465 m. pastatytas vyskupo dvaras. 1842 m. vyskupo žemės suvalstybintos. Nuo 1850 m. vyskupai Alsėdžiuose negyveno, dvaro rūmus valdžia perėmė 1857 m. Pirmosios bažnyčios (iki 1475 ir 1648 m.) buvo pastatytos Alkos kalno papėdėje. Vyskupui paprašius, Lietuvos didysis kunigaikštis Kazimieras bažnyčiai skyrė 50 valakų žemės ir 2 ežerus.
1765 m. įsteigta parapinė mokykla (atkurta 1810 m.). 1789 ir 1813 m. įkurtos altarijos. Nukasus dalį Alkos kalno, 1793 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. Senosios vietoje pastatyta koplyčia. 1797 m. skirta žemės kapinėms.
1907–1908 m. atnaujinti bažnyčios altoriai. 1911–1915 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Alsėdžiuose 1942–1949 m. klebonavęs Juozapas Butkus (1903–1985) Sovietų režimo suimtas ir ištremtas.