Padubysio malūno savininkai Jonas ir Antanas Beinorai 1749 m. pasikvietė vienuolius bazilijonus, pastatė bažnyčią ir dovanojo vienuolynui žemės. Prie vienuolyno 1773 m. įkurta aukštesnioji parapinė mokykla. Ji 1793 m. pertvarkyta į keturklasę apygardėlės mokyklą. Vienuolynui XVIII a. pabaigoje priklausė Bazilionų miestelis ir Mekių kaimas (19 valakų). XIX a. pradžioje buvo medinis vienaaukštis vienuolynas ir mokykla. Ji 1835 m. uždaryta.
1836 m. vienuolynas uždarytas ir perduotas stačiatikiams. Bažnyčia 1838 m. atiteko stačiatikiams. 1900 m. patvirtintas naujos cerkvės projektas. Bažnyčia 1918 m. grąžinta katalikams. 1918 m. rugsėjo 8 d. laikytos pirmos katalikų šv. Mišios. Bažnyčia buvo Kurtuvėnų parapijos filija. 1933 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia.
Įdomu tai, kad Šv. Bazilijus Didysis, kurio vardu pavadinta bažnyčia, yra vienas svarbiausių Rytų Bažnyčios Tėvų. Jis pabrėžė ne tik asmeninę maldą, bet ir aktyvų įsijungimą į vargšų ir ligonių gyvenimą. Tikėtina, kad šios idėjos stipriai veikė ir vietinius vienuolius, skatindamos juos rūpintis bendruomene. Kai bažnyčia atiteko stačiatikiams, ji kurį laiką buvo vadinama cerkve, o tai rodo Rusijos imperijos įtaką to meto religiniam gyvenimui. Grįžimas katalikams po Pirmojo pasaulinio karo buvo didelis džiaugsmas tikintiesiems, o naujos medinės bažnyčios statyba 1933 metais liudija stiprų vietos bendruomenės norą turėti savo šventovę.