Jonas Talaitis 1624 m. pastatė medinę bažnyčią. 1624 m . įkurta parapija. 1668–1691 m. veikė parapinė mokykla (1804 m. atkurta). Ivoniškyje, arba Senojoje Laukuvoje, 1689 m. pastatyta bažnyčia (nugriauta po 1863 m.) turėjo kunigą. Naujoji Laukuvos bažnyčia statyta iki 1705 m. Kapinėse XVIII a. pastatyta medinė koplyčia. 1829 m. perstatyta. 1748 m. veikė Škaplieriaus draugija.
1820 m. bažnyčiai priklausė šie kaimai: Eidininkai, Eitvydaičiai, Kantautai, Riešketai. Sudegus bažnyčiai, 1852–1856 m. pastatyta dabartinė mūrinė (archit. Timofejevo projektas, statė meistras Kalėda). Jos statyba rūpinosi klebonas Matas Narkevičius, dvarininkas Vladas Tallat-Kelpša, parapijiečiai. Laukuvos prelatas Razutis-Razutovičius sumokėjo už plytas. Bažnyčią 1893 m. konsekravo vyskupas Mečislovas Paliulionis. Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai išsivežė 2 varpus.
Be to, dabartinės mūrinės bažnyčios statyba, nors ir aprašyta kaip parapijos ir dvarininkų pastangos, turėjo ir gilesnį sakralinį motyvą. Prelatas Razutis-Razutovičius, sumokėjęs už plytas, tikėtina, siekė ne tik materialinės paramos, bet ir teologinio įtvirtinimo – nauja, tvirta šventovė turėjo simbolizuoti katalikybės atsparumą po 1831 metų sukilimo sukeltų sunkumų ir Rusijos valdžios spaudimo metu. Tai buvo viešas tikėjimo tvirtumo liudijimas. Bažnyčios titulas, Šv. Kryžiaus Atradimas, primena apie šventosios Elenos, imperatorės, legendą, kuri siejama su autentiškojo Kristaus Kryžiaus atradimu, kas pabrėžia sakralinės relikvijos paieškos ir tikėjimo tiesos išsaugojimo temą Laukuvos bendruomenei.