Bažnyčia įkurta 1995 m. buvusiuose, nebaigtose statyti "Nuklono" kultūros namuose. Šiaulių vyskupija šį pastatą gavo veltui, iš miesto valdžios, bankrutavus "Nuklono" gamyklai. Miesto valdžia, nežinodama, ką daryti su nebaigtu statyti "Nuklono" pastatu, nusprendė bent laikinai juos perduoti bažnyčiai. Tas "laikinumas" užtruko daugiau nei dešimtmetį.
Pirmoji bažnyčia – "Nuklono" kultūros namuose 2003
Vienuolika metų, nuo 1995 – 2006 Švč. Mergelės Marijos Nekalto Prasidėjimo parapijos bažnyčios tikintieji Šv. Mišių klausė, tuokėsi ir vaikus krikštijo salėje, statytoje "Nuklono" kultūros namams. Šis didžiulis statinys taip ir nebuvo užbaigtas – vienoje šio pastato pusėje buvo įkurtas šventorius, o kitoje švilpė vėjai. Apie 2004 m. vyskupijoje apsilankė Vilniaus įmonės VITI atstovai, norėję įsigyti pastatus ir greta esančiame sklype pastatyti prekybos centrą. Vyskupijoje lankėsi ir "VP Market" (Vilniaus prekyba) atstovai. Tuo metu bažnyčios pastatas su sklypu buvo vertinamas keliais milijonais litų, nes buvo patrauklioje vietoje.
Dabar bažnyčios vietoje PPC Akropolis
2006 rugsėjo 1 d., sklypą su buvusio "Nuklono" pastatu įsigijo "Vilniaus prekyba". 2006 lapkričio 5 d., sekmadienį, buvo aukojamos paskutinės Šv. Mišios. Paskutiniąsias pamaldas "Nuklono" kultūros namų patalpose laikė Šiaulių Švč. Mergelės Marijos Nekalto Prasidėjimo bažnyčios parapijos klebonas Šiaulių Dekanas Vytautas Kadys. Iškilmingos mišios prasidėjo 12 val. 30 min, o po jų tikintieji, su iškilminga procesija patraukė į naujas patalpas Aido g. 16a. Jose pasitikęs Šiaulių vyskupas pašventino naująsias patalpas, pasakė padrąsinantį žodį.
Šiaulių Švč. M. Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčios istorija – tai įdomus Dievo apvaizdos pavyzdys. Iš pradžių buvę „Nuklono“ kultūros namai, nebaigti statyti ir apleisti, tapo prieglobsčiu maldai ir bendruomenei. Šis netikėtas pastato paskirties pakeitimas primena Biblijos istorijas apie Viešpaties veikimą netikėtose vietose – panašiai kaip Jėzus mokė žmones sinagogose ir netgi prie kelio. Vienuolika metų trukęs laikinas buvimas „Nuklono“ pastate simbolizuoja tikėjimo kantrybę ir pasitikėjimą Dievo planais, net ir susidūrus su iššūkiais. Šis laikotarpis, kai bendruomenė rinkosi maldai neįprastoje aplinkoje, tikriausiai sustiprino jų tikėjimą ir tarpusavio ryšį. Galime prisiminti šv. Pauliaus žodžius: „Viską galiu Jėzuje Kristuje, kuris mane stiprina“ (Filipiečiams 4, 13). Ši bažnyčia, išaugusi iš netikėtos pradžios, liudija apie Dievo galią transformuoti net ir apleistas vietas į šventas erdves, kupinas tikėjimo ir vilties. Bažnyčios pašventinimas ir pastato pertvarkymas į pilnavertes šventyklos patalpas yra akivaizdus Dievo apvaizdos ženklas, patvirtinantis, kad net ir žmogaus planai gali būti nukreipti Dievo valios link. Tai graži iliustracija, kaip Dievas veikia per žmones ir aplinkybes, kad įvykdytų savo planus. Šiaulių Švč. M. Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčios istorija yra liudijimas apie Dievo meilę ir rūpestį, net ir pačiose netikėčiausiose situacijose.