Pirmoji bažnyčia minima 1526 m. Manoma, kad ji XVI a. pabaigoje priklausė evangelikams reformatams, nes Onuškio palivarko savininkas 1611 m. ją grąžino katalikams. 1655 m. bažnyčia sudegė. 1673 m. buvo klebonija ir nauja prieglauda. Bažnyčia atstatyta po 1674 m.
1797 m. ji buvo labai sena ir sutrešusi, 1820 m. šiek tiek remontuota, 1823 m. sugriuvo. Toje pačioje vietoje 1823–1829 m. dvarininko K. Šetkevičiaus rūpesčiu pastatyta dabartinė plytų ir akmenų mūro bažnyčia. Gyventojai prašė lietuviškų pamaldų, tačiau 1832 m. vyskupo paskirta komisija nustatė, kad parapijiečiai namuose kalba lietuviškai, bet meldžiasi lenkiškai, todėl lietuviškos pamaldos nereikalingos. Jos tik iš dalies pradėtos nuo 1893 m. XX a. pradžioje kurį laiką čia vargonininkavo Kipras Petrauskas.
1927–1939 m. klebonavo Kazimieras Cibas. Jis rūpinosi parapijiečių blaivumu, religine ir kultūrine pažanga, rūpestingai tvarkė parapijos ūkį. 1939–1953 m. čia klebonavo Nikodemas Švogžlys-Milžinas.
Įdomus dvasinis faktas yra tas, kad bažnyčios sienose iki šiol slapta tūno gilaus istorinio virsmo ženklai. Sovietmečiu, kai dvasininkams buvo draudžiama vykdyti švietėjišką veiklą, tuometiniai parapijos ganytojai sugebėjo išsaugoti slapta veikusią sekmadieninę vaikų mokyklėlę. Vaikai čia slapčia mokėsi ne vien katekizmo tiesų, bet ir senųjų bažnytinių giesmių melodijų.
Verta paminėti ir bažnyčios varpą, kuris skambėjo dar carinės priespaudos metais. Senieji žmonės pasakodavo, kad šis varpas turėjo stebuklingą savybę bėdos akivaizdą suburti bendruomenę bendrai maldai už taiką. Šventoriaus koplytėlėse anksčiau stovėjo liaudies meistrų drožtos medinės šventųjų figūros, kurios šiandien laikomos vertingais sakralinio meno pavyzdžiais. Šios skulptūros liudija gilų vietinių gyventojų pamaldumą ir ištikimybę krikščioniškoms vertybėms permainingais amžiais.