Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1586 m. Jai 1596 m. dovanoti Kielionių, Kvedariškių, Virkininkų kaimai, ežeras (kunigas privalėjo mokėti lietuviškai, įsteigti mokyklą). 1641 m. valdą padidino Jonas Alfonsas Lackis. Manoma, kad bažnyčią 1655 m. sudegino Rusijos kariuomenė.
1663 m. nauja bažnyčia pastatyta iki stogo. Užbaigta 1674 m. Parapijai 1744 m. priklausė 31 kaimas. Stakliškių seniūnas Juozapas Boufalas 1770–1776 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią, konsekravo Vilniaus pavyskupis Tomas Zenkavičius. 1818 m. audra suardė bažnyčios stogą, apgriovė bokštus. 1828 m. bokštai dar buvo neatstatyti.
1871 m. į Stakliškes iš Pagramančio (Telšių vyskupija) atkeltas klebonas Vincas Butvydas (buvo įkliuvęs Motiejaus Valančiaus knygnešių byloje). Jis Stakliškėse klebonavo 29 metus, kėlė gyventojų tautinį sąmoningumą. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
1925–1954 m. Stakliškėse klebonavo (vėliau altarista) Vladas Jezukevičius (1886–1956), (palaidotas šventoriuje), lietuvių atgimimo žadintojas, spaudos bendradarbis.
Skaitykite daugiau..Stakliškių Švč. Trejybės bažnyčia slepia įdomių dvasinio gyvenimo detalių. Senais laikais šventovėje ypatingas dėmesys teiktas Šventosios Trejybės garbinimui, kuris reiškia tobulą meilę ir bendrystę tarp Tėvo, Sūnaus ir Šventosios Dvasios. Šis titulavimas rodo gilią teologinę mintį, kad visi bendruomenės nariai yra kviečiami gyventi vienybėje. Istoriniuose šaltiniuose užfiksuota, jog bažnyčios inventoriuje ilgą laiką brangintas retas paveikslas, vaizduojantis Mariją Škaplierinę. Šis paveikslas tikintiesiems primindavo dangaus globą ir apsaugą kasdienėse negandose. Kunigai per pamaldas skatindavo žmones nešti dvasinius vaisius, o ne vien formaliai atlikti apeigas. Stakliškių parapijos istorijoje būta šviesių akimirkų, kai dvasininkai rūpinosi ne tik sielų išganymu, bet ir liaudies švietimu. Bažnyčios rūsiuose ar šventoriaus žemėje pagals senus papročius būdavo laidojami nusipelnę parapijos rėmėjai ir dvasininkai, taip pabrėžiant bendrystę tarp gyvųjų ir mirusiųjų. Toks ryšys teologijoje vadinasi Šventųjų bendravimu. Net sunkiais carinės priespaudos metais Stakliškių šventovė išliko dvasine tvirtove, kurioje skambėdavo lietuviška malda, stiprinusi vietinių gyventojų dvasią bei viltį sulaukti geresnių laiku. Šie mažiau žinomi faktai atskleidžia bažnyčią kaip gyvą tikinčiųjų bendruomenės širdį.